Les espèces concernées par la mise en oeuvre du dossier Natura 2000 sont de trois types :
- les espèces d'oiseaux concernées par la Directive "Oiseaux"
- les autres espèces concernées par la Directive "Habitats"
- les espèces caractéristiques des biotopes de la Directive "Habitats"
Ces espèces font l'objet de rapports d'évaluation périodiques demandés par la Commission européenne pour évaluer l'évolution de leur état de conservation et pour évaluer l'effectivité des mesures de conservation dans les Etats membres.