Certaines espèces communes présentent de grandes différences de densités au sein de leur aire de répartition au point d'être considérée comme rares et/ou menacées à certains endroits. L'objectif de cette thèse est d'une part de comprendre comment un tel patron peut se mettre en place et ce qui différencie ce type d'espèces des autres. D'autre part, nous avons voulu déterminer quels étaient les risques d'extinction de ces populations aux densités plus faibles afin d'apporter notre contribution à la conservation éventuelle de ce type d'espèces. Le loir gris, Glis glis, a été choisi comme modèle d'étude étant donné sa rareté au nord et son caractère commun au sud de son aire de répartition. Nos efforts de recherches se sont concentrés à définir les exigences écologiques de l'espèce particulièrement dans les régions périphériques où ses densités sont faibles, à modéliser sa distribution actuelle et future, mais aussi à définir son histoire évolutive et son état de santé génétique global. Notre étude écologique a montré que le patron de distribution asymétrique du loir gris était fortement influencé par le caractère spécialiste de son écologie (associée aux hêtres) et par son histoire évolutive. L'avenir de l'espèce est préoccupant étant donné la faible variabilité génétique de ses populations rares, sa sensibilité à la fragmentation des forêts et la future migration de son habitat couplé à ses faibles capacités de dispersion. Nous recommandons un changement de statut de conservation du loir gris, classé actuellement comme peu préoccupant.