Un schéma directeur intégré pour la préservation de la qualité de l'eau dans l'esprit de la Directive-Cadre européenne et la valorisation écologique des lacs de l'Eau d'Heure a été réalisée de 2002 à 2004. Le suivi de la qualité des eaux a mis en évidence que les apports en phosphore liés à l'activité humaine sont les principaux responsables de la dégradation des pré-barrages de Falemprise et de Féronval (phosphore total > 60µg/l). Les fortes biomasses algales régulièrement observées en période estivale, en particulier des cyanobactéries, présentent un risque potentiel de toxicité. Des espèces invasives telle l'élodée de Nuttall (biomasse de 474 g PS/m²) et la dreissène (densité max. de 3550 ind./m²) ont tendance à se développer, présentant des problèmes de gestion pour certaines activités telles que la pêche, le motonautisme ou la plongée. L'étude a mis en évidence l'intérêt de quelques zones rivulaires, lié aux variations du plan d'eau, pour une espèce rare et protégée, la limoselle aquatique. Des mesures de gestion sont proposées.