Comme chacun des autres Centres Thématiques dédiés respectivement à l'eau (CTE basé en République Tchèque), à l'air et aux changements climatiques (CTE basé aux Pays-Bas), aux déchets et flux de matériaux (CTE basé au Danemark) et à l'utilisation du sol et à l'information spatiale (CTE basé en Espagne), le CTE/DB est un consortium d'institutions spécialisées (au nombre de neuf), issues de huit pays européens, piloté par le Muséum National d'Histoire Naturelle. Il est coordonné par une équipe internationale basée au MNHN et bénéficie principalement du soutien financier de l'Agence Européenne pour l'Environnement et du Ministère français de l'Ecologie et du Développement Durable.
Le CTE/DB interagit avec un large réseau de collaborateurs au niveau européen, notamment avec les centres nationaux de référence sur la nature et la biodiversité qui assurent le lien, au niveau national, avec les fournisseurs de données aux niveaux local et régional.