La grotte préhistorique du Trou de l'Ambre est incluse dans un massif de calcaire givetien correspondant à la bordure méridionale du synclinorium de Dinant, situé en rive droite de la rivière Lomme (bassin de la Meuse). Elle est le résultat de l'érosion par les eaux de cette rivière à l'époque où elle coulait au niveau de l'entrée de la cavité. Elle s'ouvre dans une falaise sur le versant sud-ouest du promontoire de Wérimont, à 28 m au dessus du lit actuel de la Lomme. L'entrée a une hauteur de 0,6 m pour une largeur de 2,5 m. Elle permet d'accéder à deux niveaux dont le développement total est de 141 m. Dans le niveau supérieur, appellée 'Salle du Foyer', des fouilles ont mis à jour de nombreux ossements humains ainsi que des objets variés datant notamment de l'âge du fer. Le niveau inférieur (Salle du Bronze) abritait une nécropole néolithique.
Le Trou de l'Ambre est situé sur le même versant que la grotte du Trou du Faisan (SGIB n° 1701) et apparaît également fort intéressant sur le plan biospéléologique.
Cette grotte héberge durant la période hivernale plusieurs espèces de chauves-souris menacées en Région wallonne. Durant ces dernières années, les collaborateurs du groupe de travail Plecotus y ont ainsi recensé Eptesicus serotinus, Myotis bechsteini, Myotis dasycneme, Myotis daubentoni, Myotis emarginatus, Myotis myotis, Myotis mystacinus/brandti, Myotis nattereri, Pipistrellus pipistrellus, Plecotus auritus, Rhinolophus ferrumequinum et Rhinolophus hipposideros.
L'ensemble du réseau karstique du promontoire de Wérimont constitue un site clé pour la conservation du grand et du petit rhinolophe en Famenne.
La microfaune n'a pas encore fait l'objet d'études détaillées.