Depuis leur sélection, les sites Natura 2000 bénéficient d'un premier niveau de protection . Il s'agit de la protection des habitats naturels, due à une disposition particulière du CWATUPE (art 84 §1 er 12°), de la protection des espèces animales et végétales, précisée dans la Loi sur la Conservation de la Nature (art 2, 3, 29§2) et du principe de la conditionnalité des aides agricoles qui porte sur le respect de certaines directives européennes dont la Directive Oiseaux et la Directive Habitats, desquelles découlent Natura 2000.
Depuis le 13 janvier 2011, suite à une modification de la Loi sur la Conservation de la Nature, un ensemble de mesures générales s'appliquent à tous les sites sélectionnés. Ces mesures consistent en une série d'interdictions et d'actes soumis à autorisation ou à notification.
Avec la désignation des sites, des mesures particulières s'appliquent, assurant un plus haut degré de protection.
Le 1er décembre 2016, le Gouvernement wallon a adopté l'ensemble des objectifs de conservation pour le réseau Natura 2000, tant à l'échelle de la Région wallonne qu'à l'échelle des sites. Voir l'arrêté du Gouvernement wallon.
Des mesures volontaires peuvent être adoptées en vue de la restauration de certains biotopes : restauration des pelouses et des landes, coupe anticipée de résineux, création de mares, aménagements de sites souterrains, etc...
Subventions disponibles
Guide pour la création de mares en forêt (PDF-1256 ko)
Des restaurations de sites se réalisent également dans le cadre des projets Life-Nature .