La description qui suit, donnée à titre provisoire, est largement empruntée aux comptes rendus de LEURQUIN (2009) et PAQUAY (2015).
En aval de la confluence de l'Ywoigne, la vallée de la Lesse est occupée localement par une frênaie-ormaie à cerisier à grappes (Pruno-Fraxinetum, all. Alnion incanae) à caractère continental, typique du bord des eaux lentes, à lit majeur large (LEURQUIN, 2009). L'orme lisse (Ulmus laevis) y trouve son optimum de présence, accompagné du cerisier à grappes (Prunus padus) et avec, dans le sous-bois, la laîche espacée (Carex remota), le circée de Paris (Circaea lutetiana), le groseiller rouge (Ribes rubrum), la patience des bois (Rumex sanguineus), la stellaire des bois (Stellaria nemorum), le chiendent des chiens (Elymus caninus), la fétuque géante (Festuca gigantea), la lysimaque des bois (Lysimachia nemorum), l'épiaire des bois (Stachys sylvatica), la véronique des montagnes (Veronica montana).
Les clairières et les ouvertures de la banquette alluviale sont le domaine de la mégaphorbiaie à hautes herbes, dont la baldingère (Phalaris arundinacea), l'angélique des bois (Angelica sylvestris), l'eupatoire chanvrine (Eupatorium cannabinum), la reine des prés (Eupatorium cannabinum), le scirpe des bois (Scirpus sylvaticus), la morelle douce amère (Solanum dulcamara), auxquelles s'ajoutent divers éléments des prairies hygrophiles: cirse des marais (Cirsium palustre), canche cespiteuse (Deschampsia cespitosa), jonc épars (Juncus effusus), lycope d'Europe (Lycopus europaeus).
On y observe aussi un ourlet en nappe intraforestier nitrophile des forêts alluviales sur des sols profonds généralement carbonatés, avec comme caractéristique la cardère poilue (Dipsacus pilosus), accompagnée de pieds isolés de petite ciguë (Aethusa cynapium var. gigantea) (Dipsacetum pilosi, all. Aegopodion podagrariae).
Le long de l'Ywoigne, en amont de la confluence, la frênaie-ormaie est remplacée par l'aulnaie-frênaie à stellaire des bois (Stellario-Alnetum, all. Alnion incanae) sous forme de galeries étroites où l'orme lisse et le cerisier à grappes sont plus rares voire absents selon les endroits au bord de ces eaux plus vives que celles de la Lesse. Parmi les nombreuses fougères présentes, trois espèces indiquent le caractère montagnard de la vallée de l'Ywoigne, à savoir le polypode du chêne (Gymnocarpium dryopteris), la fougère des montagnes (Oreopteris limbosperma) et la fougère du hêtre (Phegopteris connectilis).
Les versants de la vallée de la Lesse sont essentiellement couverts de forêts majoritairement feuillues, au sein desquelles apparaissent très peu de plantations résineuses. La physionomie de ces forêts de versant varie fortement en fonction du type de roche. On y reconnaît notamment:
- l'érablaie à scolopendre et tilleul (Tilio-Aceretum, all. Lunario-Acerion), prenant place sur des siltites gréseuses à nodules calcaires et calcaires silteux gris (formation de Souverain-Pré) qui affleurent en maints endroits. Sous la strate arborescente constituée par l'érable plane (Acer platanoides), l'érable sycomore (Acer pseudoplatanus), le tilleul à grandes feuilles (Tilia platyphyllos), l'orme de montagne (Ulmus glabra), le hêtre (Fagus sylvatica) et le frêne commun (Fraxinus excelsior), s'épanouissent notamment l'actée en épis (Actaea spicata), la cardamine impatiente (Cardamine impatiens), la langue de cerf (Asplenium scolopendrium), le polystic à aiguillons (Polystichum aculeatum), le polystic à soies (Polystichum à soies) et la lunaire vivace (Lunaria rediviva). La strate arbustive est formée de l'érable champêtre (Acer campestre), la clématite des haies (Clematis vitalba), le coudrier (Corylus avellana), l'aubépine à deux styles (Crataegus laevigata), l'aubépine à feuilles en éventail (Crataegus rhipidophylla), le nerprun purgatif (Rhamnus cathartica), le groseillier à maquereau (Ribes uva-crispa), le saule marsault (Salix caprea), le sureau noir (Sambucus nigra).
- la chênaie-hêtraie acidocline continentale (Melico-Fagetum, all. Carpinion betuli), avec parfois un faciès de chênaie-charmaie de substitution, sur des substrats plus schisteux dans les zones d'alternance des pélites et siltites (Formation d'Esneux), à strate herbacée caractérisée par la présence de la doradille noire (Asplenium adiantum-nigrum), la fausse capillaire (Asplenium trichomanes subsp. quadrivalens), la fougère femelle (Athyrium filix-femina), la fougère des chartreux (Dryopteris carthusiana), le dryoptéris dilaté (Dryopteris dilatata), l'épipactis à larges feuilles (Epipactis helleborine), la fétuque des bois (Festuca altissima), la mélique uniflore (Melica uniflora), le millet étalé (Milium effusum), le pâturin des bois (Poa nemoralis), le polypode intermédiaire (Polypodium interjectum) et la stellaire holostée (Stellaria holostea).
Les talus de la ligne de chemin de fer Dinant-Bertrix, qui correspond à plusieurs endroits à la zone de contact entre la zone alluviale et le bas du versant de la vallée, ne sont pas dépourvu d'intérêt botanique, ni même zoologique. Ces talus souvent rocailleux, bien exposés, localement consolidés par des blocs de grès famenniens, sont colonisés par l'orpin blanc (Sedum album), l'orpin de Forster (Sedum forsterianum), l'arabette des sables (Cardaminopsis arenosa subsp. borbasii), la doradille noire (Asplenium adiantum-nigrum), etc.