La noue de Soye-Franière a été étudiée par FLORE (1993) dans le cadre d'un mémoire de fin d'études.
La noue est entourée d'un groupement forestier fragmentaire de type aulnaie ou saulaie (Salix x rubens, S. caprea, S. cinerea,...) avec également Fraxinus excelsior, Acer pseudoplatanus, A. platanoides, Prunus avium, Sambucus nigra, Crataegus monogyna, Clematis vitalba, Prunus spinosa,...;
Localement est présente une roselière à Rumex hydrolapathum et des ronciers à Rubus caesius.
Certaines parties sont très nitrophiles et envahies par Urtica dioica et Galium aparine.
Le long des berges se développent des fragments de mégaphorbiaies et de prairies humides, avec Eupatorium cannabinum, Epilobium hirsutum, Filipendula ulmaria, Symphytum officinale, Heracleum sphondylium, Lysimachia vulgaris, Lythrum salicaria, Angelica sylvestris, Scrophularia auriculata, Solanum dulcamara, Calystegia sepium, Aegopodium podagraria, Tanacetum vulgare, Equisetum palustre etc.
Selon FLORE (1993), la flore aquatique est très peu développée, citant seulement Equisetum fluviatile et Sium latifolium (citation douteuse, à vérifier).
Les bois qui longent en partie la noue sont formés d'une chênaie à charme humide de bas de versant où poussent Fraxinus excelsior, Acer campestre, Ilex aquifolium et, parmi les herbacées : Primula elatior, Lamium galeobdolon subsp. montanum, Anemone nemorosa, Ranunculus auricomus, Arum maculatum, Adoxa moschatellina, Mercurialis perennis, Geum urbanum, Polygonatum multiflorum, Dryopteris carthusiana, Vinca minor, Carex divulsa...
La faune de la noue semble ne pas avoir fait l'objet de recensements systématiques. Le site présente un intérêt odonatologique, notamment en raison de la découverte, en 2010, de la libellule fauve (Libellula fulva). Il est également fréquenté par diverses espèces d'oiseaux dont le martin-pêcheur (Alcedo atthis) et la poule d'eau (Gallinula chloropus).