Malgré les nombreuses dégradations qu'il a subit, le Fond des Crapauds demeure un petit oasis de nature dans la région de culture intensive qu'est la Hesbaye.
A la fin des années 1980, différents groupements végétaux étaient représentés sur le site (observations de J.-Y. BAUGNEE et J. SAINTENOY-SIMON datant du 18 juillet 1988, du 30 août 1988 et du 12 juin 1990) :
- sur les sables nus, décapés par le grattage des lapins, se développe une pelouse très ouverte à Hypochoeris radicata, Agrostis canina, Tussilago farfara, Hieracium bauhinii, Rumex acetosella, Centaurium erythraea,... qui évolue vers la sarothamnaie à Cytisus scoparius. Cette sarothamnaie peut devenir très dense et peut abriter Pyrola minor, Equisetum arvense est parfois très abondant parmi les espèces pionnières et on peut observer, à l'est de la réserve, une curieuse 'saulaie' à Equisetum arvense où se développent Epipactis helleborine, Dactylorhiza fuschsii, Hieracium sabaudum,...
- dans les pièces d'eau, on pouvait observer, il y a peu de temps encore, Potamogeton berchtoldii, P. densus, P. crispus (encore observé en 2004), P. pectinatus, Myriophyllum spicatum, Callitriche sp. et surtout de grandes quantités de Ranunculus circinatus (abondante dans une mare en 2004). Cette végétation très intéressante a pratiquement disparu.
- les vases (ou les boues !) montrent un Bidention fragmentaire à Ranunculus sceleratus (parfois gigantesques à la suite du déversement de boues de décanteurs de sucreries), Veronica anagallis-aquatica,..., entouré d'une roselière à Typha latifolia et d'espèces du Filipendulion telles que Epilobium hirsutum, Lycopus europaeus, Scrophularia auriculata,... Des fragments de jonchaie à Juncus effusus et des plages de Eleocharis palustris existent également.
- une saulaie à Salix caprea et S. viminalis annonce la recolonisation forestière du site. En sous-bois prend place un peuplement de Pyrola minor. Des ronciers, des champs d'orties, des friches à Tanacetum vulgare entourent les zones les plus anthropisées.
Au début des années 2000, la situation a bien changé ! Selon des observations d'A. REMACLE :
- la partie occidentale est couverte d'une friche où Urtica dioica forme des massifs très étendus autour des mares. On y trouve diverses plantes en majorité pionnières: Artemisia vulgaris, Cirsium arvense, Carduus crispus, Tanacetum vulgare, Geranium dissectum, Trifolium dubium, T. repens, Vicia cracca, V. tetrasperma, V. sativa, Silene dioica, S. latifolia alba, Holcus lanatus, Vulpia myuros,..., ainsi que des ronciers. La végétation ligneuse est peu représentée: Salix div. sp. et Sambucus nigra.
- la partie orientale, au relief très irrégulier, est beaucoup plus arborée: surtout Salix caprea (dont certains ont plus de 15 ans), mais aussi Salix viminalis, quelques Betula, Crategus, Rosa, de jeunes Quercus, Populus tremula et Castinea sativa. La végétation herbacée est plus intéressante que dans l'autre partie: sur les quelques zones où le sable est encore apparent (notamment sur la butte avec le mirador) poussent des espèces de pelouses sèches, telles que Hypochoeris radicata, Erigeron acer, Hieracium lachenalii (nombreux), Hieracium bauhinii (peu abondant), Lotus corniculatus, Trifolium campestre,..., avec de nombreux Equisetum arvense.
Les massifs de saules se caractérisent par l'abondance d'Equisetum arvense et de Hieracium sabaudum. Epipactis helleborine y est présent (peu abondant au total: ± 50 hampes vues); Dactylorhiza fuchsii, signalé dans la fiche correspondante de la réserve, n'y a pas été observé mais y subsisterait (R.-M. Lafontaine, com. or.).
D'autres plantes se trouvent aussi dans cette partie du site: Centaurium erythraea (plusieurs stations), Heracleum sphondylium, Cerastium fontanum, Silene dioica, Leucanthemum vulgare, Tussilago farfara, Achillea millefolium, Geranium dissectum, Epilobium angustifolium, E. montanum, Myosotis arvensis, Vicia tetrasperma, Trifolium dubium, ronces, Dryopteris filix-mas,... Pyrola minor, signalé par J. Saintenoy-Simon, n'a pas été observé (cette donnée provient probablement du site voisin Bt/408/04).
La végétation des mares s'est appauvrie de façon catastrophique, suite au déversement de déchets de sucrerie: subsistent au moins Typha latifolia, Juncus effusus, Callitriche sp. (quelques m² dans une petite mare fort ombragée, située vers le nord-est), Epilobium hirsutum, Lycopus europaeus.