Les carrières souterraines de la Malogne se trouvent au sud de Mons, entre Cuesmes et Ciply, dans le Borinage. Elles prennent place au sein d'un paysage légèrement ondulé, au relief peu accusé. L'altitude y est de l'ordre de 60 m au dessus du niveau de la mer.
L'intérêt géologique et paléontologique du site est exceptionnel. Voici ce qu'en disent ROBASZYNSKI et VANDYCKE (1989): "Le bassin de Mons, prolongement nord-oriental du Bassin de Paris, comprend une succession de terrains crétacés et tertiaires reposant en discordance sur un socle paléozoïque. Un mouvement de subsidence lui a donné une allure en cuvette. Cette subsidence serait due à la dissolution d'évaporites en profondeur ainsi qu'au cisaillement Nord-Artois. Les craies blanches crétacées sont recouvertes par des formations tertiaires et en particulier par le Tuffeau de Ciply.
C'est ainsi qu'on rencontre à la Malogne des couches plus jeunes aux plus anciennes:
- des limons pléistocènes;
- des sables glauconieux du Landénien;
- le tuffeau de Ciply (Danien moyen à supérieur) : calcarénite blanc-jaunâtre, friable, contenant de nombreux foraminifères et avec parfois intercalation d'un niveau continu de silex. A sa base s'étend un poudingue d'accumulation de galets et de fossiles (débris remaniés de bélemnites et de dents de requins), le poudingue de la Malogne;
- la craie phosphatée de Ciply (Maastrichtien inférieur, épaisseur de 3 à 8m) : calcarénité grise ou brune formée de nombreux grains plus ou moins entièrement phosphatés inclus dans une matrice crayeuse très bioturbée, avec hardground au sommet et poudingue de Cuesmes à la base (formé d'une accumalation de galets phosphatés et de débris fossiles). C'est dans cette assise que l'on a trouvé des Mosasaures (Hainosaurus bernardi, mis au jour en 1885), des dents de squale et de nombreux autres fossiles. Cette craie contient en moyenne 20 à 25% de grains de phosphate de chaux;
- la craie de Spiennes : craie blanche, granuleuse avec parfois quelques grains phosphatés et niveaux de silex noirs.
D'autre part on peut observer à la Malogne, une structure en horsts et grabens.
Les craies phosphatées contiennent des teneurs non négligeables en uranium".
Les carrières souterraines de la Malogne constituent l'un des plus importants sites d'hibernation de chauves-souris en Région wallonne: chaque hiver, ce sont plus d'un millier d'individus de 10 espèces différentes qui y sont dénombrés (recensement annuel assuré par les membres du G.T. Plecotus).
Les espèces les plus représentées sont le murin à oreilles échancrées (Myotis emarginatus) avec plus de 500 individus comptés en 2016 (soit 40% des effectifs), le complexe murin à moustaches/de Brandt (Myotis mystacinus/brandtii) (34%), le murin de Daubenton (Myotis daubentonii) (11,5%) et le murin de Natterer (Myotis nattereri) (11%). Les autres espèces ont des effectifs inférieurs à 20 individus, sans compter les quelques dizaines de chauves-souris dont l'identification reste imprécise lors des recensements visuels.
Quatre espèces de chiroptères se distinguent par leur grande rareté au nord du sillon sambro-mosan: ce sont le grand rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum), le murin des marais (Myotis dasycneme), le murin de Bechstein (Myotis bechsteinii) et le grand murin (Myotis myotis). Elles figurent toutes dans les annexes 2 et 4 de la Directive européenne CE/92/43 Faune-Flore-Habitat.
La Malogne est même l'un des seuls sites d'hibernation du grand rhinolophe en région limoneuse. Ailleurs dans le Hainaut, cette espèce menacée n'a été signalée qu'à Tournai, dans un souterrain de la citadelle (1 ex. en 2009).
Le grand murin, espèce rarissime dans la région limoneuse, n'est représenté à la Malogne que par un très petit nombre d'individus chaque hiver. C'est le seul site connu en dehors de la Montagne Saint-Pierre. Cette grande chauve-souris est nettement plus répandue au sud du sillon sambro-mosan.
Le murin des marais est une espèce rare en Wallonie, où elle atteint sa limite sud de son aire de dispersion et ne semble pas s'y reproduire. Les individus qui sont notés en hibernation proviennent principalement de régions situées plus au nord, principalement les Pays-Bas, la Flandre et le Danemark. Les gîtes d'hibernation sont surtout concentrés dans la vallée de la Meuse et le Condroz et il y en a fort peu dans la région limoneuse.
Le murin de Bechstein est une espèce typiquement forestière dont les colonies de reproduction sont localisées préférentiellement dans les cavités des arbres. Il hiberne également dans ce type de cavité, mais se rencontre régulièrement dans le milieu souterrain. C'est un Chiroptère assez répandu au sud du sillon Sambre-et-Meuse mais particulièrement rare au nord où les massifs forestiers sont très fragmentés et réduits.
A l'époque du comte de FERRARIS (fin du 18ème siècle), le site était occupé par des cultures. La craie phosphatée fut exploitée à partir de 1874, soit souterrainement par la technique des chambres et piliers, soit à ciel ouvert jusqu'à la première guerre mondiale, date à laquelle les exploitants cessèrent toute activité.
De 1920 à 1950 les galeries furent transformées en champignonnières.
A partir de 1984, une asbl 'La Malogne - association pour la recherche et l'animation des sites d'exploitation des craies', s'est occupée du site.