Le marais de Cortil-Wodon se trouve dans une cuvette qui est située au contact des schistes siluriens primaires appartenant au bord septentrional du bassin de Namur et des craies et sables secondaires de l'assise de Nouvelles: craie blanche grossière à silex noirs, ou sable calcareux souvent altéré et décalcarisé à la surface, souvent durci ou transformé en un gros banc de grès blanc ou jaunâtre, dur fossilifère (grès de Seron). Ces assises sont ensevelies sous des limons nivéo-éoliens quaternaires (Pléistocène) dont l'épaisseur peut atteindre 10 m. On y trouve également des alluvions.
Le site se trouve dans une zone de sources située au confluent des ruisseaux de Forville et du Petit Hoyoux, qui font partie du bassin de la Mehaigne.
Il comporte des pâtures qui servent de zone tampon entre les marécages et les champs avoisinants et deux plans d'eau dans la partie orientale du site.
Le marais de Cortil-Wodon présente toute une série de biotopes allant de l'eau libre aux sols plus ou moins tourbeux. La description botanique a été réalisée par SAINTENOY-SIMON & BRUYNSEELS (1983). Elle mériterait d'être actualisée, car différents travaux hydrauliques ont eu lieu depuis cette époque, notamment le creusement de deux étangs dans la partie orientale du site. Certains groupements décrits ci-après peuvent donc avoir disparu.
Les pièces d'eau sont couvertes de tapis flottants de Lemna minor. Elles sont également colonisées par Potamogeton crispus, Potamogeton lucens, Potamogeton panormitanus, Myriophyllum spicatum, Ranunculus circinatus, Callitriche platycarpa et Hottonia palustris.
Les sources et les ruisselets sont envahis par Glyceria fluitans, Glyceria notata et Sparganium erectum subsp. neglectum, et localement par Caltha palustris ou encore par Scirpus sylvaticus qui forme souvent des peuplements monospécifiques.
Les vases sont occupées par les espèces du Bidention comme Bidens tripartita, B. cernua, Ranunculus sceleratus, Catabrosa aquatica, ...
Les pièces d'eau sont entourées de ceintures à hélophytes du Phragmition, plus ou moins fragmentaires. On y trouve Phragmites australis, Typha angustifolia, Typha latifolia, Schoenoplectus lacustris, Phalaris arundinacea, Glyceria maxima, Iris pseudacorus, Alisma plantago-aquatica, etc.
Le "Grand Marais" situé au sud de la réserve est occupé par une vaste population d'Equisetum fluviatile. A l'extérieur des roselières se développent des magnocariçaies à Carex acutiformis.
Des prairies plus ou moins flottantes présentent une mosaïque de groupements dans lesquels on reconnaît Carex disticha, Equisetum palustre, Berula erecta, Stellaria alsine, Galium palustre, Mentha aquatica, Lychnis flos-cuculi et quelques touradons de Carex nigra.
Des saussaies à Salix alba, Salix x rubens, Salix viminalis et des aulnaies ont tendance à s'implanter dans les zones d'atterrissement. Les parties les moins humides portent quelques groupements apparentés au Filipendulion avec Filipendula ulmaria, Lycopus europaeus, Lythrum salicaria, Epilobium hirsutum, etc.
Des plantations d'aubépines et d'arbres ornementaux sont établies en bordure de la réserve.
La région est riche en vestiges gallo-romains (tumuli de Seron et d'Hanret, fouillés par Del Marmol au XIXe siècle).
Le marais se trouve entre les fermes de Baugnet (ou Bawgnet), de Névaucourt et de Harzé, construites à l'emplacement d'anciens "écarts" moyenâgeux ou d'anciennes fermes fondés respectivement en 1228 et 1229 (GEORGE, 1967).
Dans PLUMIER (1986, p. 33-34), figurent les compléments d'information suivants: "F. TIHON, en 1895, mentionne deux tumuli fouillés et nivelés, sur le territoire de Cortil-Wodon. L'un s'élevant près de la ferme de Nivaucourt -ou Nevaucourt-, avait un diamètre d'environ 35 m, tout le tumulus fut fouillé et livra pour tout matériel des cendres, un clou de bronze, des fragments de céramique gallo-romaine et des tuiles, ce qui fut interprété comme étant un ustrinum. Tout près de ce tertre, une cavité déjà explorée fut repérée sous une dénivellation du terrain (...). Le cadastre de 1830 mentionne encore le toponyme "Al tombe de Nevaucourt". Près de ce tumulus, vraisemblablement romain, à environ 1 km à l'est, s'en trouvait un autre qui n'a livré que quelques tessons de céramique et des fragments de bronze, datables de l'époque romaine. Cette "Tombe de Baugniet" fut fouillée de la même façon que la précédente, mais ne livra ni caveau, ni trace de bûcher".
Sur la carte de FERRARIS, le site était formé au 18ème siècle de prairies marécageuses, comme la plupart des bords de ruisseaux de la région.
L'histoire récente du site nous apprend qu'il a servi partiellement de dépotoir avant d'être racheté par l'actuel propriétaire, ce qui l'a sauvé d'une destruction certaine. Des mares et des digues ont été aménagées pour favoriser l'installation des oiseaux d'eau et pour permettre la circulation dans et autour de la zone marécageuse, le plus souvent impraticable. Deux plans d'eau plus importants ont été creusés à l'emplacement de ces mares. Il sont utilisés pour la chasse.