Avec la désignation des huit premiers sites Natura 2000 le 30 avril 2009 (M.B. des 24, 25, 27 et 30/11/2009 Erratum du 14/12/2009), les propriétaires de parcelles incluses dans leurs périmètres bénéficient, depuis le 1 ^er janvier 2010, d'avantages fiscaux que sont l'exonération du précompte immobilier et l'exemption totale des droits de succession et de donation. Depuis le 13 janvier 2011, ces avantages sont élargis à l'ensemble des 240 sites (parcelles non bâties). Voir le décret (PDF-45 ko)

La liste des parcelles cadastrales (non bâties) bénéficiant des exonérations a été communiquée à l'Administration générale de la Documentation patrimoniale du SPF-Finances. Mais pour des raisons techniques, l'exonération de ces parcelles n'a pas pu être automatisée et le précompte immobilier a donc été réclamé pour certains exercices budgétaires. Pour obtenir le remboursement du précompte, il faut introduire une réclamation dans les délais légaux auprès du Bureau de recette régional (dont les coordonnées figurent sur l'AER). Cette réclamation doit mentionner la matrice et les références cadastrales des parcelles situées en Natura 2000.
Le SPF-Finances a automatisé l'exonération depuis l'exercice fiscal 2013.