Prenant sa source en lisière du Bois de la Côre, à l'ouest du village gaumais de Ruette, le Ruisseau de l'Aunaie quitte rapidement le milieu forestier pour traverser une zone bocagère composée de prairies, de rideaux arborés et de haies, se jetant dans le ruisseau de Chamel juste après sa traversée de Ruette.
PARENT (1969) a décrit très minutieusement la végétation de ce ruisseau :
A. - Les prairies sur marnes, comportant déjà Equisetum telmateia près des suintements, ainsi que Odontites vernus subsp. serotinus, Agrimonia eupatoria, Melilotus officinalis, Bromus secalinus, Holcus lanatus, Stachys palustris, Potentilla anserina, Epilobium hirsutum, Lythrum salicaria, Juncus compressus, J. inflexus, J. acutiflorus, J. bufonius, Equisetum palustre, Glyceria declinata, Carex acutiformis, Epilobium hirsutum, etc.
B. - En orée du bois, les fragments d'une aulnaie-frênaie à Equisetum telmateia, Alnus glutinosa, Viburnum opulus, Crataegus monogyna, Acer pseudoplatanus, Prunus avium, Fraxinus excelsior sont accompagnés d'une série d'hygrophiles : Festuca arundinacea, Filipendula ulmaria, Cirsium oleraceum, Eupatorium cannabinum, Valeriana repens, Epilobium hirsutum, Angelica sylvestris, Caltha palustris, Juncus inflexus, Mentha aquatica, Scrophularia umbrosa, Carex acutiformis, Epilobium parviflorum, Lythrum salicaria, Lysimachia vulgaris, Stachys sylvatica, Carex paniculata et de quelques nitrophiles : Convolvulus sepium, Galium aparine, Urtica dioica, Dactylis glomerata, Rumex acetosa, Rumex sanguineus var. viridis, Galium mollugo, Arrhenatherum elatius, Geranium robertianum. La grande prêle occupe ici les haies, derniers vestiges de l'aulnaie-frênaie qui avait déjà disparu partout sur la côte bajocienne au début du siècle (VERHULST, 1910). Il en existe encore un remarquable témoin au-dessus de Mont-devant-Sassey, dans la vallée de la Meuse française.
C. - Une frênaie se développe autour des sources. Les espèces du Fraxino-carpinion dominent : Circaea lutetiana, Geum urbanum, Stachys sylvatica, Brachypodium sylvaticum, Primula elatior, Ranunculus ficaria, Silene dioica, Impatiens noli-tangere, ainsi que les hygrophiles : Angelica sylvestris, Deschampsia cespitosa, Valeriana repens, Caltha palustris, Cirsium oleraceum, Filipendula ulmaria, Ajuga reptans, Scirpus sylvaticus, Equisetum arvense var. nemorense, Mentha aquatica, Valerina dioica, Athyrium filix-femina, Scrophularia umbrosa.
D. - La frênaie, strictement confinée aux ruisselets, pénètre sous forme de digitation dans la hêtraie. La strate arborescente comprend l'érable sycomore, le chêne pédonculé, l'aulne glutineux, le frêne, l'orme de montagne. On note aussi : Crataegus monogyna, Prunus spinosa, Viburnum opulus, Corylus avellana, Sambucus nigra et diverses thermophiles : Viburnum lantana, Cornus mas, Tamus communis, Euonymus europaeus, Lonicera xylosteum, Ligustrum vulgare. Sont aussi présents : Sorbus aucuparia et Lonicera periclymenum. Les espèces des Fagetalia les accompagnent : Anemone nemorosa, Mercurialis perennis, Polygonatum multiflorum, Lamium galeobdolon, Carex sylvatica, Poa nemoralis, Sanicula europaea, Galium odoratum, Paris quadrifolia, Phyteuma nigra, etc. Parmi les Bryophytes : Thuidium tamariscinum, Mnium undulatum, Eurhynchium striatum, Calliergonella cuspidata, etc.
E. - Au delà des suintements, cette hêtraie calcicole présente une variante humide où l'on trouve en abondance Listera ovata, Orchis mascula, Festuca gigantea, Dactylorhiza maculata subsp. meyeri. Sur ces versants exposés au Nord, les montagnardes sont fréquentes: Ulmus glabra, Tilia platyphyllos, ainsi que les trois érables.
SOUGNEZ (1967) a observé aux sources du ruisseau, une aulnaie basicline à Cirsium oleraceum dont il donne le relevé phystosociologique suivant (tableau XI, relevé 5) : Alnus glutinosa 4.2, Sorbus aucuparia 1.1, Corylus avellana 1.2, Viburnum opulus +; Cirsium oleraceum 1.2, Eupatorium cannabinum +.2, Carex acutiformis 3.2, Phalaris arundinacea 1.2, Filipendula ulmaria 1.2, Valeriana repens 1.2, Caltha palustris 2.3, Angelica sylvestris 1.1, Deschampsia cespitosa 1.2, Ajuga reptans 1.1, Mentha aquatica 2.2, Acrocladium cuspidatum 4.4, Mnium undulatum +.2, Thuidium tamariscinum +.2, Cirriphyllum piliferum +.2. En outre, il note : Acer pseudoplatanus, Fraxinus excelsior, Ligustrum vulgare, Galium odoratum, Hedera helix, Primula elatior, Valeriana dioica et Cratneuron filicinum.
Depuis cette époque, la zone traversée par le ruisseau de l'Aunaie a été fortement dégradée et seule la zone de source semble encore présenter quelque intérêt du point de vue botanique. Toutefois, on manque de données plus récentes et il serait utile d'actualiser les inventaires. Du point de vue faunistique, le bocage subsistant accueille plusieurs couples de pie-grièche écorcheur (Lanius collurio).