Le marais de la Cussignière est l'une des zones humides les plus intéressantes de Lorraine belge. Installé à la conjonction de plusieurs ruisseaux, le site regroupe une mosaïque d'habitats alluviaux et palustres et s'est établi à l'endroit d'anciens prés de fauche retournés à l'état sauvage. Suivant le niveau du sol et la hauteur de la nappe d'eau, on y distingue ainsi des éléments du Phragmition, du Filipendulion, du Magnocaricion, etc. Les observations naturalistes sont nombreuses et permettent d'avoir un aperçu relativement précis et détaillé de la végétation en place et du peuplement faunistique local. La description présentée ici est toutefois très imparfaite et demande à être complétée sur base d'éléments plus récents. Elle concerne essentiellement les parcelles situées dans les limites de la réserve naturelle.
Des relevés phytosociologiques effectués le 25 juillet 1990 (J. Saintenoy-Simon et al.) comprennent les cortèges floristiques suivants:
- un groupement du Filipendulion dans une ancienne prairie, avec Angelica sylvestris (2.2), Epilobium hirsutum (2.2), Arrhenatherum elatius (2.2), Filipendula ulmaria (1.2-3.3), Lathyrus pratensis (2.2), Cirsium palustre (2.2), Valeriana officinalis (1.2), Urtica dioica (1.2), Galium aparine (1.2), Carex disticha (1.2), Lychnis flos-cuculi (+), Scirpus sylvaticus, etc.
- une cariçaie (Caricetum distichae) regroupe Carex disticha (5.5), Juncus inflexus et J. effusus (1.2), Cirsium palustre (1.1), Scrophularia umbrosa subsp. neesii (1.2), Carex hirta (1.1), Rumex conglomeratus (1.1), Mentha aquatica (1.1), Caltha palustris, Iris pseudacorus, etc.
- une magnocariçaie à Carex acuta (Caricetum gracilis) occupe une grande partie du site, incluant quelques touradons de Carex paniculata. On y trouve également Epilobium parviflorum, Epilobium ciliatum, Calystegia sepium, ...
- de vastes roselières à Typha latifolia (Typhetum latifoliae) occupent également le site. A côté de Typha latifolia (3.3), on y observe Lycopus europaeus (3.3), Epilobium hirsutum (1.2), Solanum dulcamara (1.2), Carex disticha (1.2), Mentha aquatica (1.2), Cirsium palustre (1.1), Rumex conglomeratus (1.1), Juncus effusus (1.2), etc.
- un groupement à Phalaris arundinacea (Phalaridetum) existe également içi et là, ainsi que des jonchaies à Juncus effusus (Agropyro-Rumicion crispi).
- des peuplements d'hélophytes et de plantes rivulaires le long d'un ruisselet et de drains, dont Sparganium erectum, Rorippa palustris, Juncus articulatus, J. effusus var. compactus, Rumex hydrolapathum, Myosoton aquaticum, etc.
- des fourrés de saules ici et là, constitués de Salix alba, Salix x multinervis, Salix viminalis, Salix purpurea subsp. lambertiana, etc. (Salicion triandro-viminalis).
A proximité de l'abri du chemin de fer, poussent en outre Achillea ptarmica, Hypericum desetangsii, Stellaria graminea, Galium mollugo, Tanacetum vulgare et des fourrés de Prunus spinosa, tandis qu'une station de Berula erecta existe dans un fossé situé au pied des voies ferrées traversant le marais d'est en ouest. Sur ces dernières poussent également Linaria repens ainsi que diverses autres plantes thermophiles, non présentes dans le marais.
La réserve comporte deux parcelles de prairies attenantes situées à l'extrémité sud du site, près du lieu-dit "Petit Gayet". La prairie la plus orientale est cernée partiellement par une épaisse haie et a été plantée d'une quinzaine d'arbres fruitiers hautes tiges. La strate herbacée regroupe Arrhenatherum elatius, Lathyrus pratensis, Dactylis glomerata, Geranium dissectum, Convolvulus arvensis, Knautia arvensis, Phleum pratense, Plantago lanceolata, Cirsium arvense, Heracleum sphondylium, Vicia sepium, Anthriscus sylvestris, Cerastium fontanum, Lotus corniculatus, Centaurea jacea, Malva moschata, etc.
La parcelle ouest, en contact avec la saulaie marécageuse, est plus humide et est composée d'espèces des prairies de fauche peu amendées comme Crepis biennis, Centaurea jacea, Arrhenatherum elatius, Trifolium pratense, Alopecurus pratensis, Rhinanthus minor, Prunella vulgaris, Stellaria graminea, Cynosurus cristatus, Anthoxanthum odoratum, Hypochaeris radicata, Holcus lanatus, Heracleum sphondylium, mais également des plages de Carex acuta et des espèces de prairies humides et de roselières dont Lythrum salicaria, Cirsium palustre, Juncus effusus, Juncus acutiflorus, Phalaris arundinacea, Valeriana officinalis, Rumex hydrolapathum, Epilobium tetragonum, Urtica dioica, Calystegia sepium, etc.
La bande de terre s'étendant vers Signeulx entre la ligne de chemin de fer et la Vire frontalière, est principalement occupée par des pâtures ainsi que, à la confluence du ruisseau des Ecrevisses avec la Vire, par une prairie de fauche abandonnée. Située hors réserve, mais dans le site Natura 2000, cette dernière comporte, selon un relevé datant de 2007 (obs. P. Verté): Pimpinella major, Rumex acetosa, Ranunculus repens, Ranunculus acris, Alopecurus pratensis, Crepis biennis, Cirsium vulgare, Festuca pratensis, Angelica sylvestris, Leucanthemum vulgare, Arrhenatherum elatius, Rumex obtusifolius, Festuca rubra, Anthriscus sylvestris, Lotus corniculatus, Holcus lanatus, Cerastium fontanum, Cirsium arvense, Taraxacum sp., Centaurea jacea, etc.
Dans le nord de la réserve, entre la voie ferrée et l'étang de la Batte, cinq petites mares arrondiées, creusées au début des années 2010, sont bordées d'hélophytes comme Sparganium erectum, Equisetum fluviatile, Lythrum salicaria, Lycopus europaeus, Phalaris arundinacea, Carex acutiformis, ... et certaines hébergent des herbiers à Potamogeton natans et à Persicaria amphibia.
Une peupleraie alluviale à Populus x canadensis existait jusqu'en 2015 entre le ruisseau des Ecrevisses et la la N88, au nord-ouest de l'étang de la Batte. Diverses herbacées du bord des eaux se sont maintenues sous le couvert des peupliers, indiquant la nature très humide voire marécageuse du terrain: Phragmites australis, Iris pseudacorus, Filipendula ulmaria, Scirpus sylvaticus, Carex acutiformis, Lycopus europaeus, Solanum dulcamara, Angelica sylvestris, Epilobium hirsutum, Glyceria maxima, Calystegia sepium, Phalaris arundinacea, etc. En 2016, plusieurs de ces espèces ont encore été notées, de même que Mentha aquatica, Cirsium oleraceum, Lysimachia vulgaris, Symphytum officinale, Rumex acetosa, Impatiens noli-tangere, Myosoton aquaticum, Typha latifolia, Berula erecta, ...
Dans le prolongement ouest de cette ancienne peupleraie, le long de la N88, on trouve encore une parcelle de prairie de fauche qui constitue la limite nord-occidentale de la réserve de la Cussignière. La flore comprend entre autres: Malva moschata, Daucus carota, Arrhenatherum elatius, Securigera varia, Tanacetum vulgare, Lotus corniculatus, Cirsium arvense, Hypericum perforatum, Medicago lupulina, Centaurea jacea, Dipsacus fullonum, Lathyrus pratensis, Cynosurus cristatus, Vicia cracca, Potentilla reptans.
La réserve comporte encore une petite parcelle excentrée située en rive gauche de la Vire, à l'est du terrain de football de Signeulx et occupée par un boisement humide. D'après un inventaire réalisé en août 2016 (obs. H. Baltus), les strates arborées et arbustives se composent d'Alnus glutinosa, Corylus avellana, Fraxinus excelsior, Crataegus monogyna, Populus sp., Hedera helix, Rubus caesius, Acer pseudoplatanus, Sambucus nigra, et la strate herbacée de Geum urbanum, Glechoma hederacea, Petasites hybridus, Stachys sylvatica, Filipendula ulmaria, Urtica dioica, Lamium maculatum, Stellaria nemorum, Cirsium oleraceum, Dipsacus pilosus, Epipactis helleborine, ...