Tout au long de la Holzwarche, la végétation est formée de nombreux groupements végétaux le plus souvent disposés en mosaïque :
- des lambeaux de hêtraie à Luzula luzuloides et des lisières forestières feuillues, assez réduites, qui groupent des espèces de la hêtraie comme Fagus sylvatica, Quercus robur, Acer pseudoplatanus, Viburnum opulus, Prunus padus, Vaccinium myrtillus, Deschampsia flexuosa, Luzula luzuloides, Polygonatum verticillatum, Centaurea montana, Ranunculus platanifolius,...;
- des fragments de chênaie à bouleaux ;
- des fragments d'aulnaies alluviales à Prunus padus ;
- des fourrés de saules composés de Salix aurita, S. x multinervis, S. cinerea riche en sphaignes (Sphagnum palustre, S. flexuosum, S. teres, S. apiculatum ;
- des fragments de pelouses à Nardus stricta et Arnica montana et de landes tourbeuses à Juncus squarrosus ;
- des fragments de landes à Calluna vulgaris et Vaccinium myrtillus, V. vitis-idaea, certaines envahies par Cytisus scoparius ;
- des prairies semi-naturelles de fauche à Meum athamanticum et Centaurea nigra, groupement montagnard médio-européen, où l'on trouve également Festuca rubra, F. filiformis, Lathyrus linifolius, Knautia arvensis, Briza media, Sanguisorba officinalis, Succisa pratensis, Thesium pyrenaicum, Hypericum maculatum,... avec une variante hygrophile à Deschampsia cespitosa, Persicaria bistorta, Cirsium palustre, Dactylorhiza maculata,...; une variante nitrophile à Geranium sylvaticum,...;
- des filipendulaies à Filipendula ulmaria et Persicaria bistorta dans les zones plus sèches, qui envahissent les prés de fauche à l'abandon. Vers l'extérieur de la plaine alluviale, elles sont suivies par une prairie à Deschampsia cespitosa et Persicaria bistorta ;
- des prairies mésophiles de fauche dominés par les graminées Alopecurus pratensis, Arrhenatherum elatius, Anthoxanthum odoratum, Phleum pratense, Dactylis glomerata, Lolium perenne,...;
- un groupement à Calamagrostis canescens (relique de la boulaie-aulnaie à Calamagrostis canescens);
- des groupements hygrophiles très variés et mosaïqués : jonchaies à Juncus acutiflorus et Crepis paludosa avec une variante appauvrie à Molinia caerulea; jonchaie à Juncus effusus, phalaridaies, peuplements de Scirpus sylvaticus, dans les zones de suintements et dans la partie inondable de la plaine alluviale ;
- des bas-marais à Comarum palustre et Menyanthes trifoliata accompagnés de cariçaies à Carex nigra, C. canescens;
- des magnocariçaies à Carex rostrata , à Carex acuta et C. vesicaria , à Carex paniculata ;
- des groupements à Juncus filiformis ;
- des groupements à Carex panicea, C. echinata, C. demissa, C. pulicaris ;
- des groupements complexes de tourbières (éléments des Sphagnetalia magellanici) avec Eriophorum vaginatum, Vaccinium oxycoccos, Trichophorum cespitosum subsp. cespitosum ;
- des suintements à Montia fontana subsp. variabilis Stellaria uliginosa, Philonotis fontana ;
- des chenaux et drains, des population de Potamogeton polygonifolius, Glyceria fluitans et, dans les eaux vives, des populations de Myriophyllum alterniflorum, Ranunculus penicillatus, Callitriche cf. hamulata et divers bryophytes comme Fontinalis antipyretica, F. squamosa, Scapania undulata,... ;
- un groupement à Glyceria fluitans et Sparganium erectum subsp. neglectum sur substrat alluvial.