La Fagne Wéry accueille divers habitats intéressants, souvent typiques des fonds de vallée ardennais. D'après J. Saintenoy-Simon (1994), on observe dans les zones les plus basses:
- un bas-marais à Comarum palustre (très abondant), Persicaria bistorta, Scutellaria galericulata (très abondant), Molinia caerulea, Valeriana repens, Caltha palustris, Juncus acutiflorus, Galium uliginosum, Rumex acetosa, Vicia cracca, Lysimachia vulgaris, Epilobium ciliatum, E. palustre, Equisetum fluviatile, Dactylorhiza maculata, Viola palustris, etc (bas-marais acides);
- une jonchaie acutiflore;
- une cariçaie fragmentaire à Carex nigra;
- une mégaphorbiaie à Filipendula ulmaria (Filipendulion);
- une prairie à Holcus lanatus, Succisa pratensis, Rhinanthus minor,... (prairie abandonnée);
- une prairie à Deschampsia cespitosa, Persicaria bistorta, Caltha palustris, plus ou moins rudéralisée (présence de Urtica dioica, Rumex obtusifolius);
- de zones rudéralisées à Urtica dioica;
- des peuplements d'Epilobium angustifolium le long d'une pessière;
- des saussaies à Salix aurita, S. triandra;
- des peuplements d'Iris pseudacorus, Glyceria fluitans, Hydrocotyle vulgaris, Callitriche sp., Ranunculus flammula et d'autres hygrophiles le long et dans le ruisseau.
- une colonisation arbustive éparse le long du ruisseau avec Alnus glutinosa, Frangula alnus, Sorbus aucuparia, ...
Dans une prairie pâturée voisine, peu amendée, on observe par ailleurs la présence de Danthonia decumbens, Nardus stricta, Juncus squarrosus, Pedicularis sylvatica, Potentilla erecta, Agrostis canina, Galium saxatile, et dans des zones mouilleuses de cette même prairie, de Menyanthes trifoliata partiellement brouté (d'après J. Saintenoy-Simon, 1994).