Le ruisseau du Fond du Gris Bofet s'écoule dans la portion occidentale de la Forêt d'Anlier, en Ardenne méridionale, sur les territoires communaux de Léglise et de Habay. Il s'agit d'un affluent de l'Arlune et d'un sous-affluent de la Rulles, qui appartient donc au bassin versant de la Semois.
Ce ruisseau prend naissance à 455 m d'altitude, en bordure d'une prairie, à environ 1,2 km à l'est du village d'Anlier. Il s'écoule ensuite en direction du sud au fond d'un étroit vallon forestier avant de se jeter dans l'Arlune à 400 m d'altitude et au bout d'un parcours d'à peine 1800 m.
Le ruisseau reçoit en outre les eaux de quatre ruisselets de sources, tous en rive droite. Le plus en amont, situé au lieu-dit "Fagne du Loup", est issu d'une zone humide de quelques hectares (constituant le périmètre initial du site) dont les pourtours ont été enrésinés au cours du 20è siècle. La seconde source se trouve 300 m plus au sud, au sein d'une prairie séparée du Gris Bofet par des pessières; un petit plan d'eau d'un demi hectare y a été creusé au début des années 2000 en aval de la source. Le troisième ruisselet coule 350 m plus au sud, entièrement sous couvert d'une plantation d'épicéas. Le dernier ruisselet prend sa source et coule sous forêt feuillue (Bois le Prêtre) où il rencontre le ruisseau du Fond du Gris Bofet 200 m avant la confluence de celui-ci avec l'Arlune.
Du point de vue biogéographique, le site fait partie de la région continentale et du district phytogéographique ardennais.
Malgré son enrésinement important au cours du 20ème siècle, le bassin versant du ruisseau du Fond du Gris Bofet regroupe un bel échantillon de végétations typiques des sols humides et fangeux de l'Ardenne: bas-marais acides, cariçaies, prés humides oligotrophes, jonçaies acutiflores, mégaphorbiaies, fourrés de saules, etc. Cependant, les données biologiques disponibles pour ce site demeurent fragmentaires et ne permettent pas de décrire avec précision les végétations en place actuellement ainsi que leur étendue.
Un relevé de B. Overal datant de 1975 semble pouvoir être attribué à ce vallon: il comprend entre autres la menthe des champs (Mentha arvensis), la tormentille (Potentilla erecta), le jonc épars (Juncus effusus), la patience des prés (Rumex acetosa), le lotier corniculé (Lotus corniculatus), la luzule multiflore (Luzula multiflora), le nard raide (Nardus stricta), le jonc à tépales aigus (Juncus acutiflorus), la laiche des lièvres (Carex ovalis), la houlque laineuse (Holcus lanatus), le grand boucage (Pimpinella major), la danthonie (Danthonia decumbens), la houlque molle (Holcus mollis), la violette des marais (Viola palustris), la vesce en épi (Vicia cracca), la succise des prés (Succisa pratensis), la renoncule petite douve (Ranunculus flammula), le saule cendré (Salix cinerea), la myrtille commune (Vaccinium myrtillus), la germandrée scorodoine (Teucrium scorodonia), le framboisier (Rubus idaeus), le sorbier des oiseleurs (Sorbus aucuparia), l'épilobe des marais (Epilobium palustre), la bourdaine (Frangula alnus), la laiche noire (Carex nigra), la callune (Calluna vulgaris), la flouve odorante (Anthoxanthum odoratum), la valériane dioïque (Valeriana dioica), la fougère des chartreux (Dryopteris carthusiana), la fétuque filiforme (Festuca filiformis), la fétuque rouge (Festuca rubra), le comaret (Comarum palustre), la laiche étoilée (Carex echinata), l'agrostis des chiens (Agrostis canina), le cirse des marais (Cirsium palustre), le gaillet des marais (Galium palustre), l'épilobe en épis (Epilobium angustifolium), l'agrostis capillaire (Agrostis capillaris), le gaillet du Harz (Galium saxatile), le gaillet des fanges (Galium uliginosum), la pédiculaire des bois (Pedicularis sylvatica), la canche flexueuse (Deschampsia flexuosa), le millepertuis élégant (Hypericum pulchrum), ...
Parmi les bryophytes, on y a signalé notamment la mousse Leucobryum glaucum ainsi qu'au moins 6 espèces de sphaignes dont Sphagnum fimbriatum, Sphagnum flexuosum, Sphagnum auriculatum, Sphagnum squarrosum, ... (A. Sotiaux, 1996).
Plus récemment, les principaux inventaires relatifs aux zones ouvertes ont été effectués en 1998 par des botanistes de la Fondation Universitaire Luxembourgeoise (D. Thoen et F. Guyon) et en 2012 par le DEMNA dans le cadre de la cartographie du site Natura 2000 (S. Pierret).
La zone de source latérale la plus en amont, située au lieu-dit "Fagne du Loup", constitue le site initial avant l'extension du périmètre du SGIB à l'ensemble du vallon du Fond du Gris Bofet. Elle est occupée par des terrains fangeux abondamment colonisés par les ligneux mais où se maintiennent des végétations herbacées intéressantes: mégaphorbiaie à reine des prés, bas-marais acide et prairie oligotrophe, avec comme espèces représentatives la violette des marais (Viola palustris), le comaret (Comarum palustre), le trèfle d'eau (Menyanthes trifoliata), la linaigrette à feuilles étroites (Eriophorum angustifolium), la scorsonère des prés (Scorzonera humilis), la laîche paniculée (Carex paniculata), la laiche noire (Carex nigra), la laiche à bec (Carex rostrata), la laiche étoilée (Carex echinata), la valériane dioïque (Valeriana dioica), la renoncule petite douve (Ranunculus flammula), le jonc à tépales aigus (Juncus acutiflorus), l'orchis à larges feuilles (Dactylorhiza majalis), etc.
La source suivante, 300 m plus au sud, apparaît en prairie, à une centaine de mètres de la lisière de la pessière qui couvre le flanc droit du Fond du Gris Bofet. Le seul relevé disponible (F. Guyon, 1998) regroupe le saule à oreillettes (Salix aurita), l'orchis à larges feuilles (Dactylorhiza majalis), le gaillet mou (Galium mollugo), le comaret (Comarum palustre), le cirse des marais (Cirsium palustre), la patience des prés (Rumex acetosa), l'angélique sauvage (Angelica sylvestris), le jonc à tépales aigus (Juncus acutiflorus), la laiche noire (Carex nigra), la lysimaque vulgaire (Lysimachia vulgaris) et la reine des prés (Filipendula ulmaria). Aucune donnée n'est disponible pour le petit étang creusé au début des années 2000 sur le ruisselet, un peu en aval.