La réserve occupe l'interfluve entre le ruisseau des Tros Marets et d'un affluent de droite, qui en drainent les eaux. Revinien phylladeux et sols tourbeux en surface. Eaux fagnardes oligotrophes et acides. La pente moyenne (5%) n'a pas permis le développement d'une tourbière haute.
Lande tourbeuse jadis fauchée et comportant un peuplement uniforme de molinies, actuellement développées en touradons de quelque 30cm, dont l'âge est de 40-50 ans.
La molinie est accompagnée d'Agrostis canina, Juncus effusus var. compactus, Juncus conglomeratus, Dryopteris carthusiana, Holcus mollis, Potentilla erecta; sous le tapis graminéen, entre les touradons de molinie, présence habituelle de sphaignes (Sphagnum recurvum), de Galium palustre et, plus rarement de Viola palustris. Ce faciès est dominant dans le Lovaiseu et les parties centrales du Fraineu.
A l'état disséminé on observe des plages de quelques m2 de Vaccinium uliginosum et plus rarement de Vaccinium myrtillus, V. vitis-idaea, Calluna vulgaris ainsi que des fragments relictuels de landes tourbeuses à Erica tetralix, Scirpus cespitosus, Eriophorum vaginatum, E. angustifolium, Gentiana pneumonanthe, Juncus squarrosus,...
Les zones les plus mouilleuses qui traversent d'est en ouest le Fraineu sont caractérisées par des jonçaies à Juncus acutiflorus et des cariçaies adjacentes à Carex nigra, C. echinata (CORINE 54.422 et 54.4221).
Un début d'embuissonnement se produit par Salix aurita, Frangula alnus, Sorbus aucuparia parfois Betula pubescens et d'assez nombreux sujets d'épicéa par semis naturels des pessières environnantes (CORINE 31.11 et 31.13).
Enfin à la lisière méridionale du Fraineu on trouve d'étroites bordures de chêne, de bouleau et de sorbier sur les talus des ruisseaux, avec des éléments de la callunaie et des peuplements de Pteridium aquilinum, en lisière (CORINE 31.861).