Le Bois des Comognes est repris dans le PCDN de Gesves comme zone centrale du réseau écologique communal. La description qui suit est tirée du rapport final de ce PCDN (TAYMANS, 2009).
Le Bois des Comognes est constitué dans sa partie nord de vieilles chênaies-hêtraies. On observe dans le sous-bois de ces chênaies-hêtraies acidophiles à neutroclines quelques plantes indicatrices telles que le millepertuis élégant (Hypericum pulchrum), la véronique officinale (Veronica officinalis) et le mélampyre des prés (Melampyrum pratense).
De grandes mises à blanc y ont été pratiquées, notamment le long de la rue de Loyers. Plusieurs plantations de pins sylvestres ont également été établies dans ce site. Le versant sud du bois est occupé par une belle chênaie-boulaie acidophile, parsemée de quelques bouquets de charmes. On y observe en sous-bois le chèvrefeuille des bois (Lonicera periclymenum), la luzule printanière (Luzula pilosa), la fougère aigle (Pteridium aquilinum), le houx (Ilex aquifolium) et la myrtille commune (Vaccinium myrtillus).
La lisière sud du bois est occupée par un ravin boisé, dans lequel affleurent de nombreux rochers. Le grand mars changeant (Apatura iris), un grand papillon forestier, y a été observé.
La partie centrale du bois est occupée par une grande clairière cultivée de trèfle, plantain et maïs (jachères-faune). A l'ouest de celle-ci se situe un fourré de saules marsaults (Salix caprea), en mosaïque avec une flore herbacée sur sol humide dont le jonc épars (Juncus effusus), la gesse des prés (Lathyrus pratensis), la patience des prés (Rumex acetosa), l'angélique des bois (Angelica sylvestris), le millepertuis anguleux (Hypericum dubium), etc.
Plusieurs pieds d'une orchidée sauvage, l'épipactis à larges feuilles (Epipactis helleborine), poussent en lisière ouest du bois, occupée par des plantations de peupliers. C'est l'orchidée wallonne de loin la plus répandue et elle n'est que partiellement protégée.
La végétation du bord de la rue de Loyers est intéressante et variée. On y observe la laîche glauque (Carex flacca), le brachypode des bois (Brachypodium sylvaticum), la canche cespiteuse (Deschampsia cespitosa), le fraisier des bois (Fragaria vesca), la valériane officinale (Valeriana repens), le solidage verge d'or (Solidago virgaurea), la bétoine officinale (Stachys officinalis), la petite pimprenelle (Sanguisorba minor) ainsi que le néflier (Mespilus germanica) en lisière. Une plante naturalisée, la potentille dressée (Potentilla recta), est également présente sur ce talus.
En outre, deux autres espèces d'orchidées ont été notées en lisière du bois le long de cette même route de Loyers: il s'agit de l'orchis de Fuchs (Dactylorhiza fuchsii) et de la listère à deux feuilles (Neottia ovata) (obs. L. Bailly, 2012).
D'autres plantes exotiques développent dans le bois ou sur ses marges des peuplements à surveiller, comme le séneçon du Cap (Senecio inaequidens), le cerisier tardif (Prunus serotina) ou la renouée du Japon (Fallopia japonica).
Le bois subit une surdensité de sangliers (Sus scrofa) qui s'illustre par les nombreux dégâts au sol.