Le domaine du château de la Fresnaye (ou Guertechin) prend place sur un plateau limoneux brabançon où l'agriculture intensive a éliminé bon nombre d'éléments du réseau écologique. A ce titre, il joue un rôle de refuge pour la flore et la faune, comme souligné dans le Plan communal de développement de la Nature de Grez-Doiceau.
La rareté des données disponibles ne permet cependant pas d'obtenir une image fidèle de la biodiversité présente actuellement sur le site.
En ce qui concerne la flore, on dispose tout-de-même des inventaires floristiques réalisés entre 2008 et 2015 dans le cadre de l'inventaire forestier wallon (IPRFW), à partir desquels on peut extrapoler la présence d'habitats forestiers.
Ainsi, le bois situé à la source du ruisseau de Guertechin, juste en amont des étangs, dans le coin sud-est du domaine, renferme un mélange d'espèces des hêtraies neutrophiles atlantiques et des frênaies-aulnaies alluviales, entre autre: la jacinthe des bois (Hyacinthoides non-scripta), le hêtre (Fagus sylvatica), l'érable sycomore (Acer pseudoplatanus), le sureau noir (Sambucus nigra), les ronces (Rubus fruticosus aggr.), l'aulne glutineux (Alnus glutinosa), la ficaire (Ranunculus ficaria), la benoîte commune (Geum urbanum), le brachypode des bois (Brachypodium sylvaticum), le lamier jaune (Lamium galeobdolon), le lierre (Hedera helix), l'épiaire des bois (Stachys sylvatica), la fougère mâle (Dryopteris filix-mas), le gouet tacheté (Arum maculatum), le noisetier (Corylus avellana), la moschatelline (Adoxa moschatellina), l'aubépine à un style (Crataegus monogyna), le pâturin des bois (Poa nemoralis), le lierre terrestre (Glechoma hederacea), le géranium herbe à Robert (Geranium robertianum), le gaillet gratteron (Galium aparine), la cardamine amère (Cardamine amara), la valériane dioïque (Valeriana dioica), la grande ortie (Urtica dioica), le bugle rampant (Ajuga reptans), etc. Des essences non indigènes s'y rencontre également comme le marronnier d'Inde (Aesculus hippocastanum), le noyer royal (Juglans regia), le chêne rouge (Quercus rubra).
Dans la partie nord, on trouve, sous peupleraies, des éléments de mégaphorbiaies à reine des prés (Filipendula ulmaria), menthe aquatique (Mentha aquatica), renoncule rampante (Ranunculus repens), cirse des marais (Cirsium palustre), pâturin commun (Poa trivialis), jonc à tépales aigus (Juncus acutiflorus), ...
Il existe également un boisement plus ou moins humide à frêne élevé (Fraxinus excelsior), saule blanc (Salix alba), saule marsault (Salix caprea), aulne glutineux (Alnus glutinosa), framboisier (Rubus idaeus), groseiller rouge (Ribes rubrum), berce commune (Heracleum sphondylium), gaillet des fanges (Galium palustre), cirse maraîcher (Cirsium oleraceum), etc.