La plus grande partie de la colline du Bois Jean Mouton est occupée par un taillis de substitution de la hêtraie calcicole (Carici-Carpinetum) à Quercus robur, Carpinus betulus, Corylus avellana, Acer campestre, Clematis vitalba, Viburnum lantana, Pyrus pyraster, etc. Le sous-bois renferme Primula veris, Carex digitata, Carex flacca, Orchis mascula, Helleborus foetidus, Polygonatum odoratum, Narcissus pseudonarcissus, Anemone nemorosa, Hedera helix, Paris quadrifolia, ...
Dans la partie inférieure des versants (colluvions), la chênaie-charmaie calcicole passe à la chênaie-charmaie typique. On retrouve en versant nord, l'ormaie-tillaie des éboulis calcaires. On y note la présence de Conium maculatum, Arabis glabra, Scrophularia vernalis, Geranium macrorrhizum (non revu récemment) et Saxifraga rotundifolia (ces 3 dernières espèces furent jadis introduites mais sont actuellement naturalisées).
Sur certaines pentes argileuses fraiches se développe un peuplement de Polygonatum verticillatum, une plante rare en Fagne que l'on rencontre plus habituellement en Ardenne.
Au pied du versant sud, le long du chemin de terre, on trouve un ourlet thermophile qui héberge une belle population de la rare Euphorbia dulcis ainsi que quelques pieds de Daphne laureola. Au début du chemin, existent également quelques fragments de pelouses sur schistes calcarifères avec Potentilla neumanniana, Hieracium pilosella, Festuca lemanii, ...
Sur les rochers calcaires à l'exposition nord poussent notamment Saxifraga rotundifolia, Mycelis muralis, Polypodium vulgare, Asplenium trichomanes, Campanula trachelium ainsi que de nombreuses mousses et lichens.
La bryoflore est très diversifiée. Citons ici quelques espèces caractéristiques des différents milieux du Bois Jean Mouton (observations de J.-P. DUVIVIER et M.-T. ROMAIN) :
- sur les bords du chemin longeant le versant sud, ainsi que dans les petites pelouses sèches, on note Homalothecium lutescens, Thuidium abietinum, Entodon concinnus, Scleropodium purum, ...
- sur les affleurements et blocs calcaires : Brachythecium glareosum, Schistidium apocarpum, Cirriphyllum tommasinii, Neckeria crispa, Anomodon longifolius, Anomodon viticulosus, Lejeunea cavifolia, Porella platyphylla, Plagiochila porelloides, Homalia trichomanoides, Fissidens taxifolius, Thuidium recognitum, ...
- sur les affleurements et murs ombragés de l'ermitage : Eucladium verticillatum, Encalypta streptocarpa, Campylium calcareum, Tortella tortuosa, Cololejeunia rossettiana, ...
- de nombreux épiphytes comme Isothecium alopecuroides, Leucodon sciuroides, Neckera complanata, Metzgeria furcata, Radula complanata, Frullania dilatata, etc.