Les iles de Bourie, composées de l'ile des Béguines et l'ile des Chanoines sont presque entièrement couvertes d'une forêt secondaire, de plantations feuillues et de l'une ou l'autre parcelle de résineux. Du 18ème siècle jusqu'aux années 1940, le site était occupé par des prairies exploitées pour le foin, avant d'être abandonné. Durant les années 1970, la colonisation forestière est déjà assez avancée et les espaces ouverts couvrent moins de la moitié de l'ile.
Plusieurs études botaniques plus ou moins complètes ont été réalisées sur ces iles mosanes (voir notamment DELVINGT, 1983 et SAINTENOY-SIMON et DUVIGNEAUD, 1991). Toutefois, l'évolution de cette végétation ne semble pas avoir fait l'objet de suivis et une actualisation des données serait nécessaire.
D'après des relevés effectués le 26 avril 1991 (obs. J. Saintenoy-Simon et J. Duvigneaud), on y observe:
- un groupement très nitrophile sur la banquette qui longe le sud de l'île, constitué d'arbres ou d'arbustes épars (Salix caprea, S. viminalis, S. x. rubens, Alnus glutinosa, Ulmus minor,...) et de ronces (Rubus caesius) dominant une strate herbacée composée de Urtica dioica, Lamium album, Galium aparine, Alliaria petiolata, Glechoma hederacea,... Quelques espèces de l'aulnaie y subsistent, dont Solanum dulcamara, Calystegia sepium, Humulus lupulus), et des espèces de friches y apparaissent telles qu'Artemisia vulgaris, Tanacetum vulgare,... (Galio-Alliarion; Convolvulion);
- de jeunes saulaies de colonisation, situées au-dessus de la zone d'inondation, à Salix alba, S. viminalis, S. caprea, Alnus glutinosa, Fraxinus excelsior, Crataegus monogyna, Humulus lupulus; quelques buissons de Ribes rubrum et R. uva-crispa et de jeunes Sambucus nigra, Acer pseudoplatanus, A. platanoides. Au sol, Rubus caesius domine en compagnie de plantes rudérales comme Urtica dioica, Galium aparine, Glechoma hederacea, Solidago gigantea, Lamium album, Cardamine hirsuta, mais aussi d'espèces hygrophiles typiques des prairies à l'abandon comme Symphytum officinale, Lysimachia vulgaris, Eupatorium cannabinum, Angelica sylvestris, Phalaris arundinacea, Heracleum sphondylium, Epilobium hirsutum, Rumex obtusifolius, Carduus crispus, Poa trivialis, etc., et de plantes forestières comme Scrophularia nodosa, Myosotis sylvatica, Epilobium montanum et même Cardamine impatiens, espèce plus fréquente dans les érablières de ravin que l'on s'étonne un peu de trouver ici (Salicetum triandro viminalis; Salicetum albae; Filipendulion);
- des clairières s'ouvrant entre de très vieux saules d'une taille imposante (Salix alba et S. x rubens de près de 20 m de hauteur), occupées par une flore très nitrophile. Des ronciers de Rubus caesius y voisinent avec des étendues d'Urtica dioica, Galium aparine, Glechoma hederacea, Solidago gigantea,... dans lesquelles Humulus lupulus est toujours très abondant. Lamium maculatum, lié aux grandes vallées, les égaie au premier printemps de sa floraison rose violacée. Sambucus nigra et S. nigra var. laciniata y sont fréquents;
- des roselières relictuelles qui groupent principalement Phalaris arundinacea et Phragmites australis (Phalaridetum et Phragmition);
- des magnocariçaies relictuelles à Carex acutiformis;
- des fragments d'ormaie-frênaie dans l'ancien chenal situé vers l'amont des îles, dans lequel Aegopodium podagraria et Stellaria nemorum sont les plantes les plus caractéristiques (Ulmo-Fraxinetum). Nota: la végétation de ce chenal semble avoir fort évolué depuis les observations de M. Dethioux (in DELVINGT, 1983), car les hygrophytes qu'il y signalait, tels que Rorippa amphibia, Mentha aquatica, Lycopus europaeus, Myosotis scorpioides (= palustris), Lythrum salicaria, Persicaria hydropiper, Myosoton aquaticum, ... n'ont plus été notés début des années 1990. L'aménagement de ce nouveau chenal a probablement provoqué l'assèchement de la partie amont dans lequel la circulation de l'eau était réglée par une vanne encore existante;
- des plantations de Picea abies, Larix kaempferi créant une ambiance forestière qui permet à Hedera helix, Stachys sylvatica, Silene dioica et Viola odorata de s'implanter et à des semis d'Acer pseudoplatanus de germer abondamment;
- une végétation pionnière sur les perrés qui occupent l'amont et l'aval de l'île. On y trouve des fourrés de Betula pendula, Salix caprea, Euonymus europaeus, envahis de Clematis vitalba. Une friche calcicole (Trifolion medii) s'y est établie dans laquelle poussent Origanum vulgare, Inula conyzae, Medicago lupulina, Primula veris, Barbarea vulgaris, Verbascum thapsus, Arabidopsis thaliana, Leucanthemum vulgare, Achillea millefolium, Knautia arvensis, Tanacetum vulgare, Artemisia vulgaris, Saponaria officinalis, Picris hieracioides, Hieracium lachenalii, Linaria vulgaris, Potentilla reptans, Cardamine hirsuta, Lamium purpureum,... Euphorbia esula subsp. esula, une autre plante caractéristique des grandes vallées, qui suit très exactement le cours de la Meuse en s'en écartant que rarement, y forme de petites populations;
- des enrochements et des gabions encore très dénudés car les blocs de pierre sont très gros et leurs interstices sont dépourvus de terre où néanmoins quelques plantes intéressantes se sont accrochées comme Rumex hydrolapathum, Lycopus europaeus, tout à fait à leur place sur la berge; Senecio inaequidens, plante d'origine sud-africaine, introduite avec la laine de mouton, qui, au départ des graviers de la Vesdre, a envahi tout le pays; Angelica archangelica, grande ombellifère, parfois cultivée pour la confiserie, assez commune dans la vallée de la Sambre et très rare ailleurs; Impatiens glandulifera, originaire de l'Hymalaya, introduite sans doute pour des raisons ornementales et qui a investi une grande partie des berges des rivières et des fleuves au détriment des espèces indigènes.
- des fragments de pelouses ouvertes de l'Alysso-Sedion confinés sur certains blocs de roche ensoleillés et secs, avec Sedum acre, S. album, ... ;
- des ronciers développés un peu partout, notamment le long des berges très raides du nouveau chenal en V (frayère).
L'intérêt faunistique de ces iles aujourd'hui classées comme réserve naturelle est avant tout ornithologique, mais on déplore le manque d'investigation relatifs à l'entomofaune et plus généralement aux invertébrés.
La berge sud, face à la rive droite de la Meuse, montre une végétation fortement altérée de par la présence de très nombreux anatidés domestiques échappés des basses-cours avoisinantes : canards colverts plus ou moins hybridés, canards de Barbarie, canards mandarins, bernaches du Canada, ouettes d'Egypte, cygnes et oies, certains nichant directement sur l'ile.
Les îles de Bourie constituent un lieu de nidification pour plusieurs espèces d'oiseaux d'eau, en particulier pour le canard colvert (Anas platyrhynchos), la gallinule poule d'eau (Gallinula chloropus), la foulque macroule (Fulica atra), le grèbe huppé (Podiceps cristatus) et même le héron cendré (Ardea cinerea), nicheur rare en Wallonie dont une petite colonie est installée dans la pessière à l'est du site depuis les années 2000 (8 nids étaient encore occupés en 2020). Le martin-pêcheur d'Europe (Alcedo atthis) est noté aussi très régulièrement toute l'année et est un nicheur potentiel.
L'ile et la Meuse environnante forment également une aire favorable à la halte migratoire et/ou l'hivernage pour nombre d'espèces de passage qui peuvent s'y reposer en sécurité. C'est le cas du chevalier guignette (Actitis hypoleucos), du fuligule milouin (Aythya ferina), du fuligule morillon (Aythya fuligula), de la grande aigrette (Ardea alba), du harle bièvre (Mergus merganser), de la sarcelle d'hiver (Anas crecca), etc. Depuis les années 1990, le site héberge un dortoir important de grand cormoran (Phalacrocorax carbo) mais son effectif n'a cessé de diminuer, sans doute en lien avec la moindre attraction de la vallée de la Meuse pour cette espèce notée au cours des deux dernières décennies (POURIGNAUX et PAQUET, 2004; PAQUET, 2007). S'y ajoutent quelques hôtes de marque comme le harle piette (Mergus albellus), le garrot à œil d'or (Bucephala clangula) et le fuligule milouinan (Aythya marila) qui peuvent apparaître en petit nombre (1-4 ex.) lors d'hivers rudes, comme par exemple lors de l'hiver 2011-2012, de même que la nette rousse (Netta rufina) ou encore le bihoreau gris (Nycticorax nycticorax), qui a séjourné sur l'ile durant l'hiver 2002-2003.
L'abondance d'arbres mort sur pied attire diverses espèces cavernicoles. Plusieurs observations récentes de pic noir (Dryocopus martius) indiquent que cette espèce fréquente l'ile au moins pour s'alimenter.
Les données d'observations de mammifères sont peu nombreuses. Le renard roux (Vulpes vulpes) a été noté à diverses reprises, ainsi que le rat surmulot (Rattus norvegicus) et le castor européen (Castor fiber) présent sur le site depuis quelques années déjà.
Le peuplement ichtyologique des bras d'eau entourant les iles est constitué d'une dizaine d'espèces régulièrement observées lors des pêches électriques: à savoir le gardon (Rutilus rutilus), le chevaine (Squalius cephalus), la vandoise (Leuciscus leuciscus), le hotu (Chondrostoma nasus), le goujon (Gobio gobio), le barbeau (Barbus barbus), l'ablette commune (Alburnus alburnus), le rotengle (Scardinius erythrophthalmus), la perche fluviatile (Perca fluviatilis), la brème commune (Abramis brama), le brochet (Esox lucius), l'anguille européenne (Anguilla anguilla).