DUVIGNEAUD et SAINTENOY-SIMON (1998) décrivent la végétation du site des Roches à Presles d'après des relevés effectués le 4 août 1994.
La majeure partie du site est occupé par une chênaie à charme avec quelques fragments de hêtraie sur le sommet.
La chênaie à charme est constituée, dans la strate arborescente, de Quercus robur, Fraxinus excelsior, Prunus avium, Fagus sylvatica, ... ; dans la strate arbustive de Carpinus betulus, Corylus avellana, Crataegus laevigata, Clematis vitalba, Viscum album, Rosa canina, Acer pseudoplatanus, ...; dans la strate sous-arbustive de Daphne laureola, Ribes uva-crispa, Crataegus monogyna, Sambucus nigra, Ligustrum vulgare, Ilex aquifolium, Rosa arvensis, Rubus sp., etc. La strate herbacée montre une dominance de Hedera helix et Mercurialis perennis avec aussi Arum maculatum, Brachypodium sylvaticum, Euphorbia amygdaloides, Vincetoxicum hirundinaria, Carex flacca, Stachys officinalis, Lamium galeobdolon subsp. montanum, Primula veris, Viola reichenbachiana, Listera ovata, Carex sylvatica, Ranunculus auricomus, Anemone nemorosa, Narcissus pseudonarcissus, Orchis mascula, Mycelis muralis, Poa nemoralis, Geum urbanum... La régénération forestière est assurée par de nombreuses plantules de frêne.
En lisière forestière évoluent de nombreux arbustes tels Cornus sanguinea, Acer campestre, Euonymus europaeus, Ilex aquifolium, Rosa arvensis, Viburnum lantana, Viburnum opulus, Ligustrum vulgare, Rhamnus cathartica, Malus sylvestris subsp. sylvestris, Pyrus communis subsp. pyraster, Rosa rubiginosa, Prunus spinosa, ainsi que diverses herbacées comme Melica uniflora, Stachys officinalis, Vincetoxicum hirundinaria, etc..
D'anciennes pelouses recolonisées par Prunus spinosa abritent encore une flore intéressante composée de Origanum vulgare, Knautia arvensis, Poa pratensis, Arrhenatherum elatius, Bromus erectus, Briza media, Sanguisorba minor, Galium verum, Festuca lemanii, Agrimonia eupatoria, Lotus corniculatus, Avenula pubescens, Carex caryophyllea, Cerastium arvense, Onobrychys viciifolia, Echium vulgare, Melica ciliata, Melampyrum arvense, Scabiosa columbaria, Cirsium acaule, Helianthemum nummularium, Potentilla neumanniana, Polygala vulgaris, etc. C'est dans cet habitat qu'était présent jadis (au moins jusqu'au années 1960) le rare Salvia pratensis.
Une coupe forestière borde le sud du site. Elle accueille une flore variée dominée par Brachypodium sylvaticum et Poa nemoralis, mais aussi Viola hirta, Teucrium scorodonia, Carduus nutans, Cynoglossum officinale, Lithospermum offcinale, Clematis vitalba, Aquilegia vulgaris, Verbascum lychnitis, Picris hieracioides, Glechoma hederacea, Verbena officinalis, Asparagus officinalis, etc.
Enfin, sur schistes frasniens apparaissent de petites pelouses ouvertes et rases à Potentilla argentea, Kickxia elatine, Holosteum umbellatum, etc. Ces pelouses peuvent évoluer vers une lande à genêt à balai.