Le marais de Basse Nimelette est formé d'anciennes prairies, de prés de fauche abandonnés et de vestiges de tourbières. Il comprend:
- une saulaie et une aulnaie à Carex elongata;
- d'anciens prés de fauche à l'abandon caractérisés par la très grande abondance de Calamagrostis canescens accompagné de Angelica sylvestris, Filipendula ulmaria, Lysimachia vulgaris, Phalaris arundinacea, Stachys palustris, Cirsium palustre, Scutellaria galericulata;
- d'anciennes prairies pâturées dominées par Deschampsia cespitosa, Angelica sylvestris, Succisa pratensis, Lysimachia vulgaris, Juncus acutiflorus, Caltha palustris, Lychnis flos-cuculi, Holcus lanatus, Juncus effusus, J. conglomeratus, Rumex acetosa, Carex ovalis;
- d'anciennes prairies pâturées envahies par Angelica sylvestris;
- des cariçaies à Carex rostrata (occupant probablement l'emplacement d'anciennes fosses d'exploitation de tourbe);
- des magnocariçaies à Carex acutiformis;
- des jonchaies acutiflores à Juncus acutiflorus, Molinia caerulea, Lotus pedunculatus, Viola palustris, Ranunculus flammula, Carex rostrata, Stellaria alsine, Valeriana repens;
- des fonds fangeux à Callitriche stagnalis, Scirpus sylvaticus, Solanum dulcamara, Epilobium obscurum, Stellaria alsine,...;
- une mare forestière, très ombragée, envahie de potamots (Potamogeton cf.natans) et de Lemna minor;
- des groupements rudéralisés riches en Urtica dioica et d'une roselière à Typha latifolia en contrebas d'une évacuation d'eau;
- des tourbières à Sphagnum div. sp. (non vues);
- de belles populations de Wahlenbergia hederacea accompagné de Viola palustris, Scutellaria minor etc., dans un layon récemment fauché;
Une abondante floraison de Narcissus pseudonarcissus se produit au printemps.
Pour la partie agréée du site, le dossier de la demande d'agrément (Natagora, 1998) nous en dresse la description suivante :
Dans la partie nord de la réserve, un talus schisteux occupe la partie inférieure du versant: on y trouve une zone de suintement où fleurissent la violette des marais et la walhenbergie. Cette zone surplombe une aulnaie marécageuse entourant une mare par endroits très profonde, vestige de l'ancienne tourbière exploitée; cette mare reçoit une partie des eaux de ruissellement provenant de la route et des champs cultivés situés en amont. Une auréole d'eutrophisation est bien visible à l'entrée de la réserve. En contrabs, la majorité de la réserve est constituée d'un marais composé d'une mosaïque de groupements végétaux: mégaphorbiaie à reine des prés, prairie à calamagrostis des marais, complexe de cariçaies et de prairies du Molinion, prairies plus sèches anciennement pâturées et, aux abords de l'Eau Noire, une mégaphorbiaie à baldingère. Toute cette zone alluviale est périodiquement inondée. L'ensemble de la réserve est fortement recolonisé par les saules et les bouleaux; la partie sud du site a été partiellement plantée de résineux.
Les groupements végétaux les plus caractéristiques observables dans la réserve sont les suivants:
1) auréole d'eutrophisation: Cette zone à l'entrée de la réserve reçoit les eaux de ruissellement de la route, des habitations voisines et des champs cultivés situés en amont. Y dominent: Phalaris arundinacea, Typha latifolia, Urtica dioica, avec Alopecurus pratensis, Angelica sylvestris, Caltha palustris, Calystegia sepium, Cirsium palustre, Cruciata laevipes, Equisetum fluviatile, Filipendula ulmaria, Galeopsis tetrahit, Galium aparine, Galium mollugo, Juncus effusus, Lysimachia vulgaris, Poa trivialis, Rumex crispus, Scirpus sylvaticus, Scrophularia auriculata, Scrophularia nodosa, Valeriana repens, ...
2) mégaphorbiaie à reine des prés: Cette végétation dominée par la reine des prés s'étend près de la zone eutrophisée. On y note en outre Filipendula ulmaria (var. ulmaria et var. denudata), Achillea ptarmica, Cirsium palustre, Equisetum fluviatile, Epilobium hirsutum, Epilobium palustre, Galeopsis tetrahit, Lycopus europaeus, Poa trivialis, Scutellaria galericulata, Valeriana repens, ainsi que quelques pieds de Comarum palustre et Succisa pratensis.
3) prairie mésophile à fromental: Ce faciès se trouve en lisière des terrains voisins et correspond probablement à la partie anciennement pâturée du site sur des sols moins humides. On y relève, pour les graminées, Arrhenatherum elatius et Holcus lanatus, qui dominent, avec Alopecurus pratensis, Deschampsia cespitosa, Poa trivialis. Rumex acestosa est abondant, avec Aegopodium podagraria, Angelica sylvestris, Carex nigra, Carex vesicaria, Cirsium palustre, Dryopteris carthusiana, Galeopsis tetrahit, Galium aparine, Galium palustre, Galium uliginosum, Juncus acutiflorus, Juncus effusus, Lathyrus pratensis, Lychnis flos-cuculi, Lycopus europaeus, Lysimachia vulgaris, Plantago lanceolata, Potentilla erecta, Ranunculus acris, Ranunculus flammula, Scorzonera humilis, Stellaria graminea, Urtica dioica, Valeriana repens, ... C'est en lisière que se développe une population d'environ une dizaine de pieds de la pulmonaire des montagnes (Pulmonaria montana).
4) complexe de cariçaies et de prairies du Molinion: Dans les endroits les plus humides, on rencontre un ensemble de cariçaies et de prairies où les espèces de l'alliance du Molinion sont encore bien représentées: Achillea ptarmica, Agrostis canina, Angelica sylvestris, Arrhenatherum elatius, Caltha palustris, Cardamine pratensis, Carex acuta, Carex acutiformis, Carex nigra, Carex ovalis, Carex rostrata, Carex vesicaria, Cirsium palustre, Deschampsia cespitosa, Dryopteris carthusiana, Epilobium hirsutum, Epilobium palustre, Epilobium tetragonum, Galium saxatile, Galium uliginosum, Holcus lanatus, Juncus acutiflorus, Juncus bufonius, Juncus effusus, Molinia caerulea, Myosotis scorpioides, Narcissus pseudonarcissus, Lotus pedunculatus, Lychnis flos-cuculi, Lysimachia vulgaris, Potentilla erecta, Scirpus sylvaticus, Scorzonera humilis, Scutellaria galericulata, Succisa pratensis, Viola palustris, ... A proximité se trouve une population de Calamagrostis canescens et par endroits, très dispersés, Comarum palustre, ainsi que quelques rares pieds de Menyanthes trifoliata aux abords de la zone tourbeuse. Ces deux espèces sont les derniers témoins de l'existence d'une ancienne tourbière sur le site. Aucune sphaigne ni aucune linaigrette n'y ont malheureusement été retrouvées. Quelques pieds de Dactylorhiza maculata et Platanthera chlorantha se rencontrent par endroits.
5) roselière à baldingère: Les parties de la réserve situées en bordure de la rivière et régulièrement inondées lors des crues sont occupées par une roselière dominée par Phalaris arundinacea, avec Achillea ptarmica, Carex acuta, Carex acutiformis, Lycopus europaeus, Lysimachia vulgaris, Ranunculus flammula, Scutellaria galericulata, et Bidens frondosa, Glyceria fluitans, Sparganium erectum dans les endroits les plus mouilleux.
6) talus schisteux: Les arbres et arbustes qui occupent cette zone sont : Alnus incana, Betula pendula, Crataegus monogyna, Picea abies, Populus tremula, Prunus spinosa, Quercus robur, Rosa canina, Salix caprea, ... Au niveau de la strate herbacée, on relève une série d'espèces dont certaines sont caractéristiques des sols secs et acides: Centaura cf. jacea, Cytisus scoparius, Dactylis glomerata, Deschampsia flexuosa, Echium vulgare, Epilobium angustifolium, Galium mollugo, Glechoma hederacea, Heracleum sphondylium, Holcus mollis, Leucanthemum vulgare, Medicago lupulina, Rumex acetosella, Sedum telephium, Senecio ovatus, Stellaria holostea, Tanacetum vulgare, Teucrium scorodonia, ...
7) zone de suintement: Située en contrebas du talus où sourd une source, cette zone recolonisée par les arbustes est occupée par un tapis de mousses, ainsi que d'une végétation clairsemée, avec : Cirsium palustre, Filipendula ulmaria, Juncus bufonius, Juncus effusus, Ranunculus ficaria, mais surtout Viola palustris et Wahlenbergia hederacea, encore bien représentées.
8) aulnaie marécageuse: La strate arborée est dominée par Alnus glutinosa et Betula pendula. Crataegus monogyna, Crataegus laevigata, Prunus spinosa, Ribes rubrum, Ribes uva-crispa, Sambucus nigra, Sambucus racemosa, Salix sp., Viburnum opulus constituent la strate arbustive. Dans la strate herbacée, on retrouve les espèces déjà citées précédemment; on peut toutefois signaler la présence de Carex elongata, Mentha aquatica et Polygonum bistorta.
9) mare: La mare, fort ombragée, située au centre de l'aulnaie, correspond à l'ancienne exploitation de tourbe. On y remarque entre autres: Callitriche sp., Glyceria fluitans, Lemna minor, Potamogeton polygonifolius, ...
10) bosquets de colonisation: Le marais n'a plus été fauché ni pâturé depuis de nombreuses années, les arbres et arbustes l'envahissent peu à peu. On y note surtout: Betula alba, Betula pendula, Salix aurita, Salix x rubra, ... Sous les vieux saules, on trouve: Ajuga reptans, Anemone nemorosa, Caltha palustris, Carex elongata, Dryopteris carthusiana, Epilobium tetragonum, Juncus acutiflorus, Lotus pedunculatus, Lycopus europaeus, Ranunculus ficaria, Sparganium erectum et Viola palustris.
11) plantation de résineux: Picea sitchensis domine, avec quelques Picea abies. Cette plantation n'a pas été entretenue et est peu productive en raison du terrain mal drainé et des crues régulières.