D'après des relevés de DUVIGNEAUD (1970), la plaine du ruisseau de Fagnolle montrait à l'époque une intéressante mosaïque de groupements végétaux:
* formation de tuf calcaire avec l'algue Phormidium incrustatum et les bryophytes Cratoneuron commutatum, C. filicinum, Calliergonella cuspidata, Pellia endiviifolia, Brachythecium rivulare (Cratoneurion commutati). Là où le tuf est bien éclairé, les barrages sont colonisés par de hautes herbes hygrophiles, puis par Salix purpurea;
* fruticée à Prunus spinosa;
* saussaie à Salix purpurea (Salicion albae) riche en espèces des mégaphorbiaies;
* cariçaie à Carex acutiformis avec de nombreuses espèces des mégaphorbiaies;
* cariçaie à Carex paniculata;
* parvocariçaie à Carex disticha;
* cariçaie à Carex vulpina;
* prairie humide à Filipendula ulmaria (Filipendulion);
* groupement à Apium nodiflorum (Glycerio-Sparganion);
* groupement à Glyceria notata (Glycerio-sparganion);
* groupements d'hélophytes et d'hydrophytes colonisant les petits étangs, avec Nuphar lutea, Schoenoplectus lacustris, Sparganium erectum subsp. erectum, Equisetum fluviatile, etc. (Nymphaeion et Phragmition);
* aulnaie (Alnion glutinosae).
Le site a été de nouveau parcouru en 2003 dans le cadre d'une excursion de l'A.E.F. (SAINTENOY-SIMON et al., 2004).
Les prairies de fauche sont actuellement occupées par de vastes cariçaies à Carex acutiformis et Carex riparia ainsi que par des parvocariçaies à Carex disticha. On y observe aussi des peuplements de Carex paniculata se distinguant par leurs touradons volumineux. Ces prairies souvent très humides renferment Angelica sylvestris, Calystegia sepium, Cardamine amara, Carex cuprina, Cirsium oleraceum, Cirsium palustre, Agrostis gigantea, Colchicum officinale, Deschampsia cespitosa, Epilobium hirsutum, Equisetum fluviatile, Equisetum palustre, Filipendula ulmaria, Galium palustre, Iris pseudacorus, Bromus racemosus, Juncus effusus, Lathyrus pratensis, Lychnis flos-cuculi, Lycopus europaeus, Lysimachia vulgaris, Alopecurus pratensis, Cynosurus cristatus, Lythrum salicaria, Mentha aquatica, Persicaria amphibia, Scrophularia umbrosa, Scutellaria galericulata, Stachys palustris, Valeriana repens, Elymus repens, Holcus lanatus, Juncus inflexus, Phleum pratense, Poa trivialis, etc.
Diverses espèces rares dans la région y ont été notées lors de cette excursion: Juncus acutiflorus, Carex tomentosa, Molinia caerulea, Hordeum secalinum. En revanche, plusieurs plantes notées par DUVIGNEAUD (1970) n'ont pas été revues, comme Blysmus compressus, Carex vulpina, Dactylorhiza majalis, Ophioglossum vulgatum, Selinum carvifolia, Scorzonera humilis, Trifolium fragiferum, Valeriana dioica, ...
Ces dernières espèces subsistent toutefois localement comme le prouvent des observations récentes dans le nord du site, entre le Ruisseau de Fagnolle et l'ancienne voie ferrée (aujourd'hui transformée en RAVeL), au lieu-dit Les Brochets, où une prairie non amendée accueille Scorzonera humilis, Silaum silaus, Carex disticha, Selinum carvifolia, Carex vulpina, Colchicum autumnale, Carex divulsa, Bromus racemosus, Bromus ramosus subsp. ramosus, Hordeum secalinum, avec aussi des plantes nettement plus hygrophiles comme Oenanthe fistulosa, Carex paniculata, Carex vesicaria, Veronica beccabunga, Glyceria declinata, Myosotis scorpioides, Ranunculus flammula et même Eleocharis uniglumis (obs. O. Roberfroid, 2011).
Deux étangs subsistent dans la zone concernée. Ils sont actuellement abandonnés. L'un d'eux, parcouru en 2003, est bordé d'aulnes envahis par Humulus lupulus et Parthenocissus inserta (espèce naturalisée). La surface de l'étang est couverte par les feuilles de Nuphar lutea, tandis que les zones atterries accueillent des roselières à Sparganium erectum et à Typha latifolia. On y observe aussi Carex pseudocyperus, Eleocharis palustris, Nasturtium officinale, Solanum dulcamara, Veronica anagallis-aquatica, etc.
Les fourrés comportent divers Salix, Prunus spinosa, Crataegus monogyna, Viburnum opulus, Sambucus racemosa, etc. Sur les zones tuffeuses s'observent diverses plantes calcicoles plus habituelles sur les sites thermophiles (dont la Montagne-aux-Buis toute proche): Stachys alpina, Atropa bella-donna, Paris quadrifolia, Sorbus torminalis, Viola hirta, Ononis repens, Sanguisorba minor, Mercurialis perennis, etc. (obs. O. Roberfroid, 2012).
Les formations de tuf calcaires, étudiées par DUVIGNEAUD (1970), sont actuellement en grande partie sous couvert forestier, entrainant des modifications dans la flore et la bryoflore. Le petit affluent de rive gauche du Ruisseau de Fagnolle, sous couvert de buissons, a fait l'objet de nouvelles observations bryologiques le 8 mai 2018 (obs. J.-M. Couvreur – SPW/DEMNA). Si les deux espèces caractéristiques des crons (Palustriella commutata et Eucladium verticillatum) n'ont plus été notées, il y subsiste cependant un beau cortège de bryophytes «compagnes» dont Aneura pinguis, Cratoneuron filicinum, Platyhypnidium riparioides, Brachythecium rivulare, Plagiomnium undulatum, Oxyrrhynchium hians, Pellia endiviifolia.