La végétation et la flore de la partie aval de la vallée de l'Hermeton a été étudiée à plusieurs reprises. L'une des études les plus détaillées mais déjà ancienne est celle de LELOUCHIER (1960). Cet auteur distingue les végétations des versants de celle de la plaine alluviale.
Sur les versants de la vallée, il a observé les habitats suivants:
- taillis thermophiles riches en Sorbus torminalis, Mespilus germanica, Tilia cordata, Malus sylvestris subsp. sylvestris, Juniperus communis, Pyrus pyraster, etc.;
- chênaie à charme thermophile sur sol riche en carbonates (chênaie à charme basothermophile) floristiquement très appauvrie par rapport aux chênaies à charme établies sur calcaire compact comme celles qui existent dans la vallée de la Meuse proche;
- chênaie à charme basothermophile riche en tilleul à petites feuilles (Tilia cordata);
- chênaies thermophiles sur sol acide (oxylothermophiles) où l'on observe Silene nutans;
- taillis riches en Ulmus glabra, Acer pseudoplatanus, Fagus sylvatica, Fraxinus excelsior, Mercurialis perennis, Asplenium scolopendrium, Polystichum aculeatum, Cardamine impatiens, Festuca altissima, etc., apparentés aux érablières de ravin;
- taillis de charme sur versants ombragés et frais, sur sol carbonaté ou sur sol acide;
- taillis de noisetiers (Corylus avellana).
La végétation de la plaine alluviale est décrite comme suit:
- Dans le fond de la vallée, existe une chênaie sur colluvions de bas de pente colonisée par des espèces des sols riches et frais avec souvent des populations monospécifiques d'Allium ursinum;
- La banquette alluviale porte une forêt à Ulmus laevis, décrite par DUVIGNEAUD (1960), en trois endroits de la vallée (Hermeton-sur-Meuse, Morville, sur la rive gauche de l'Hermeton, et Gochenée, sur la rive droite). Cet auteur donne le relevé suivant pris à Hermeton-sur-Meuse, sur la rive droite, au pied d'un versant en pente raide, situé en amont de la buvette (disparue ?): Ulmus laevis, Alnus glutinosa, Acer campestre, Fraxinus excelsior, Cornus sanguinea, Viburnum opulus, Corylus avellana, Phalaris arundinacea, Geum urbanum, Filipendula ulmaria, Angelica sylvestris, Poa nemoralis, Festuca gigantea, Valeriana repens, Rubus caesius, Lysimachia vulgaris, Geranium robertianum, Primula elatior, Elymus caninus, Scirpus sylvaticus, Eupatorium cannabinum, Ribes rubrum, etc.
- Dans la plaine alluviale et au pied des versants, présence de diverses espèces intéressantes comme Aconitum lycoctonum subsp. vulparia qui forme de très grandes populations, constantes tout au long de la vallée, Lathraea squamaria, Anemone ranunculoides, Gagea lutea, Dipsacus pilosus, toutes espèces se développant dans la frênaie-aulnaie ou l'ormaie-frênaie alluviales du bassin de la Meuse et des basses vallées de ses affluents.
- Des fragments d'aulnaie-frênaie à Aegopodium podagraria existent également.
- Sur la banquette alluviale peut se développer une chênaie-frênaie humide dans laquelle on note dans la strate arborescente: Quercus robur, Fraxinus excelsior, Carpinus betulus; dans la strate arbustive Fraxinus excelsior, Crataegus monogyna, C. laevigata, Corylus avellana, Euonymus europaeus, Acer pseudoplatanus, Ribes rubrum, Fraxinus excelsior, Rubus sp., Sorbus aucuparia; dans la strate herbacée Filipendula ulmaria, Ranunculus ficaria, Glechoma hederacea, Anemone nemorosa, Urtica dioica, Galium aparine, Alliaria petiolata, Colchicum autumnale, Chrysosplenium oppositifolium, Geum urbanum, Brachypodium sylvaticum, Paris quadrifolia, Dryopteris filix-mas, Athyrium filix-femina, Dryopteris carthusiana, Primula elatior, Adoxa moschatellina, Deschampsia cespitosa, Cardamine pratensis, Veronica chamaedrys, Carex remota, C. pendula, Potentilla sterilis, Persicaria bistorta,... (divers groupements interpénétrés).
- Dans les suintements poussent des populations de Cardamine amara, Galium palustre, Phalaris arundinacea, Solanum dulcamara, Stellaria alsine, Salix cinerea, ...
- Jadis des prairies pâturées par des vaches et des prés de fauche existaient dans le fond de la vallée, là où la plaine alluviale était suffisamment large. Ces prairies ont été le plus souvent plantées de peupliers. La flore y est très nitrophile. Ce sont des mégaphorbiaies à Filipendula ulmaria, Epilobium hirsutum, Eupatorium cannabinum, Scrophularia auriculata, Iris pseudacorus, Heracleum sphondylium, Dipsacus pilosus, Stachys palustris, Phalaris arundinacea, Cirsium oleraceum, Urtica dioica, Galium aparine, Poa trivialis, et exceptionnellement aussi Thalictrum flavum. Des espèces de plus petite taille sont plus ou moins enfouies sous cette végétation exubérante: Ranunculus ficaria, Glechoma hederacea, Chrysosplenium oppositifolium, Ranunculus repens, Silene dioica, etc. Colchicum autumnale est abondant dans toute la vallée.
- Les bancs de graviers portent des roselières de Phalaris arundinacea accompagné de Barbarea vulgaris, Urtica dioica, etc. Des peuplements à Petasites hybridus se forment parfois en bordure de la rivière.
De multiples visites ont eu lieu ces trois dernières décennies à l'occasion d'excursions organisées par la Société des Naturalistes de Charleroi et les Naturalistes de la Haute Lesse (voir par ex. LEURQUIN & HAGON, 1990; LEURQUIN, 2008). Ces prospections ont permis de compléter et d'actualiser les données acquises précédemment et de mieux connaître certains secteurs plus marginaux.
En amont du site, la flore rencontrée le long du chemin qui borde l'Hermeton, depuis l'ancien moulin de Praile jusqu'au pont des Hallées, a été esquissée par LEURQUIN (2008). En rive gauche, en aval du moulin de Praile, l'auteur note la présence d'une étroite prairie à Glyceria notata (= G. plicata) occupant une zone déprimée et humide du chemin. De petites cuvettes argileuses à Stellaria alsine s'ouvrent ici et là sur le chemin herbeux tandis qu'une végétation pionnière des clairières et des coupes forestières s'installe à ses abords avec Digitalis purpurea, Epilobium angustifolium, Senecio ovatus, Myosotis sylvatica, Arctium nemorosum, Fragaria vesca, etc.
Plus loin, entre les zones de confluence de deux ruisselets (ruisseaux de Belvaux et de Jerdinet), une vaste zone marécageuse de fond de vallée est occupée par plusieurs formations herbacées eutrophes:
- une magnocariçaie à Carex riparia et Lysimachia vulgaris avec, en bordure, quelques pieds de Carex nigra en touradons ainsi que C. strigosa formant un linéaire le long du ruisseau collecteur situé plus en aval;
- une mégaphorbiaie à Filipendula ulmaria accompagnée de Valeriana officinalis, Eupatorium cannabinum, Angelica sylvestris, Scirpus sylvaticus;
- un groupement de roselières à Iris pseudacorus, Lycopus europaeus, Mentha aquatica, Lythrum salicaria, Scutellaria galericulata, etc.;
- une végétation composite où dominent des espèces prairiales des sols inondables: Ranunculus repens, Galium palustre, Juncus effusus, Caltha palustris, Ajuga reptans, Equisetum palustre,...
- un groupement fontinal à Cardamine amara et Chrysosplenium oppositifolium;
- des éléments de forêt alluviale non marécageuse de l'Alnion incanae: Rumex sanguineus, Chrysosplenium alternifolium, Impatiens noli-tangere, Lysimachia nemorum, Aconitum lycoctonum subsp. vulparia, Ribes rubrum, Humulus lupulus.
- quelques touffes de Carex pendula apparaissent localement.
En rive droite de l'Hermeton, se rencontre de nouveau l'aulnaie-frênaie à Aegopodium podagraria des bords de rivière non marécageux où l'on relève Carex remota, Lysimachia nemorum, Circaea lutetiana, Veronica montana, Cardamine flexuosa, Ribes rubrum, Rumex sanguineus, Impatiens noli-tangere, Aconitum lycoctonum subsp. vulparia, Festuca gigantea, Paris quadrifolia, Anemone ranunculoides, Allium ursinum, Adoxa moschatellina, Lamium galeobdolon, etc.
On y observe aussi des ourlets nitrophiles en nappe caractérisés par Lapsana communis, Geum urbanum, Urtica dioica, Elymus caninus, Stachys sylvatica, Aethusa cynapium var. gigantea, Alliaria petiolata, Glechoma hederacea, Galium aparine, Anthriscus sylvestris, Aegopodium podagraria, Silene dioica, Chelidonium majus, Cruciata laevipes, Lamium album, Chaerophyllum temulum, Epilobium montanum,...
Toujours en rive droite en remontant la rivière, au niveau d'affleurements silto-gréseux famenniens, on relève encore Luzula luzuloides, Asplenium adiantum-nigrum, A. trichomanes subsp. trichomanes, Hieracium maculatum, H. umbellatum; les rares Hieracium peleterianum et Pulmonaria montana n'ont pas été retrouvés lors de cette excursion du 24 mai 2008.
En lisière orientale du Bois Chêneu, au nord-est de Gochenée, à la limite est du périmètre, s'étend une pelouse silicicole intéressante et bien connue des botanistes. D'après plusieurs relevés récents (2012-2016), la flore comprend Potentilla argentea, Echium vulgare, Silene nutans, Teesdalia nudicaulis, Aira praecox, Dianthus armeria, Potentilla neumanniana, Sedum album, Sedum rupestre, Thymus pulegioides, Trifolium arvense, Erodium cicutarium, Rumex acetosella, Geranium columbinum, avec aussi Reseda luteola, Centaurea jacea, Malva moschata, Potentilla recta, Cytisus scoparius, Achillea millefolium, Lotus corniculatus, Campanula rotundifolia, Euphrasia stricta, Festuca lemanii, Hieracium pilosella, Pimpinella saxifraga, Medicago lupulina, Rosa canina, Carduus crispus, etc. La rare Caryophyllacée Moenchia erecta a aussi été signalée dans ce type de pelouse par LEURQUIN et HAGON (1990) mais ne semble pas avoir été revue récemment.
De plus, au cours des années 2000, l'ensemble de la vallée a fait l'objet de prospections par L. Wibail (SPW-DEMNA), dans le cadre de la cartographie du site Natura 2000. Une découverte exceptionnelle y a été faite à cette occasion: quelques pieds de la campanule étalée, Campanula patula, ont été observés le 29 juillet 2004 dans un vallon en rive droite de l'Hermeton, à environ 2 km de la confluence avec la Meuse. Il s'agit de la seule localité wallonne connue en dehors de la station de la Heid des Gattes!
Rappelons encore que les prairies de la partie aval de la vallée étaient jadis extrêmement intéressantes. C'est en 1946, que A. Jans a observé, pour la dernière fois en Belgique, Orchis coriophora qui poussait en compagnie d'Orchis ustulata et de Gymnadenia conopsea (JANS, 1970). Depuis lors, ces prairies ont été amendées et ont perdu beaucoup de leur richesse floristique, et ces orchidées n'ont plus été notées sur le site depuis longtemps.
Les communautés de lichens de la vallée sont d'une très grande diversité et d'un intérêt exceptionnel. Une prospection en décembre 2004 (J.-P. Duvivier det.) a notamment permis d'observer les cortèges suivants:
- sur les chênes: Usnea subfloridana, Evernia prunastri, Pertusaria pertusa, Pertusaria hemisphaerica, Pertusaria flavida, Ochrolechia androgyna, Dimerella pineti, Platismatia glauca, etc.
- sur les troncs à écorces lisses des frênes bordant l'Hermeton: Opegrapha vermicellifera, Opegrapha rufescens, Opegrapha atra, Enterographa crassa, Porina aenea, Graphis scripta et son champignon Stigmidium microspilum, Pertusaria leioplaca, etc.
- sur des affleurements siliceux exposés au sud, sous vieux taillis clairs: Lecanora rupicola, Fuscidea cyathoides, Pertusaria corallina, Pertusaria lactea, Lecanora orosthea, Caloplaca subpallida, Diploschistes scruposus, Enterographa zonata, etc.
- sur les troncs éclairés du versant gauche: Flavoparmelia caperata, et sur les vieilles souches : Calicium salicinum, Chaenotheca ferruginea, Cladonia polydactyla, etc.
- sur la terre et parmi les mousses de ce même versant: Cladonia squamosa, Cladonia furcata, Cladonia ciliata, Cladonia portentosa, Cladonia digitata, etc.
La bryoflore est également d'une richesse remarquable qui a été mise en évidence par SOTIAUX & DUVIVIER (1984).