D'après les relevés floristiques effectués selon la méthode Braun-Blanquet les 25 mai et 11 août 1993 et le 8 mai 1995 par J. Saintenoy-Simon, le Bois du Bouly renferme les groupements suivants:
- Une frênaie-aulnaie sous peupleraie avec, dans la strate arborescente Populus x canadensis (1.1), Fraxinus excelsior (5.5), Alnus glutinosa (1.1), Alnus incana (1.1), Sambucus nigra (2.2), Viburnum opulus (2.2), Cornus sanguinea (2.2), Crataegus monogyna (1.2), Euonymus europaeus (1.2), Prunus padus (1.2), Ulmus minor (1.1), Corylus avellana (+), Prunus serotina (+), Rubus sp., Ribes rubrum (1.2), et dans la strate herbacée Urtica dioica (2.2), Galium aparine (1.1), Cirsium oleraceum (1.1), Rumex sanguineus (+), Stellaria nemorum subsp. nemorum (+), Aegopodium podagraria (+), Stachys sylvatica (1.2), Campanula trachelium (+), Myosotis sylvatica (1.2), Milium effusum (+), Lamium galeobdolon (+), Geum urbanum (1.2), Circaea lutetiana (1.2), Silene dioica (2.2), Glechoma hederacea (2.2), Geranium robertianum (+), Chaerophyllum temulum (+), Alliaria petiolata (+), Galeopsis tetrahit (+), Poa trivialis (2.2), Festuca gigantea (+), Heracleum sphondylium (+), Filipendula ulmaria (+), Angelica sylvestris (+), Athyrium filix-femina (+), Dryopteris filix-mas (+), Dryopteris dilatata (+), Primula elatior (+), Arum maculatum (1.1), Adoxa moschatellina (1.2), Ranunculus ficaria subsp. ficaria (2.2), Ajuga reptans (+), Paris quadrifolia (+), Carex sylvatica (1.1), Impatiens parviflora (+), Symphytum asperum + hybr. (1.2);
- Des friches méso-hygrophiles prenant place dans des clairières, avec Symphytum x uplandicum et S. asperum accompagnés d'Iris pseudacorus, Phalaris arundinacea, Urtica dioica, Galium aparine, Veronica hederifolia subsp. lucorum, etc.;
- Une ormaie à Ulmus minor caractérisée par l'abondance d'Aegopodium podagraria accompagné de diverses espèces nitrophiles;
- Une végétation rivulaire dominée par les nitrophytes , sur les berges de la Dyle quasi verticales et très rudéralisées: Sambucus nigra, Alnus incana, Quercus robur, Cornus sanguinea,Viburnum opulus, Impatiens glandulifera, Glechoma hederacea, Alliaria petiolata, Urtica dioica, Galium aparine, Stellaria nemorum subsp. nemorum, Anthriscus sylvestris, Symphytum asperum, Chelidonium majus, Chaerophyllum temulum, Aegopodium podagraria, Epilobium hirsutum, Artemisia vulgaris, Galinsoga parviflora, Sisymbrium officinale, etc.
- Une mégaphorbiaie eutrophisée à Petasites hybridus, entremêlée d'autres espèces nitrophiles comme Urtica dioica, omniprésente toute le long de la Dyle;
- Une galerie forestière de Salix x rubens et d'Alnus glutinosa, sur lesquels grimpe Humulus lupulus;
- Une prairie abandonnée en bordure du bois montrant une magnocariçaie fragmentaire envahie par des hautes herbes hygrophiles et nitrophiles (Angelica sylvestris, Cirsium oleraceum,...);
- Une prairie humide labourée et ensemencée en ray-grass au début des années 1990, ne présentant plus guère d'intérêt si ce n'est la présence de nombreuses touffes de Symphytum asperum. Une prairie voisine, non fauchée, montre quelle pourrait être son évolution si elle était laissée à elle-même: envahissement par des espèces rudérales et des cultures comme Rumex obtusifolius subsp. obtusifolius, Heracleum sphondylium, Stellaria media, Cirsium arvense, Chenopodium album, Echinochloa crus-gali, Galinsoga parviflora; développement des graminées Phleum pratense, Dactylis glomerata, Elymus repens, Holcus lanatus, Arrhenatherum elatius,...
- Une peupleraie alluviale à sous-étage d'Alnus incana et de Fraxinus excelsior, au nord du site. On y observe les mêmes arbustes et arbrisseaux que dans la frênaie décrite précédemment: Sambucus nigra, Cornus sanguinea, Euonymus europaeus, Crataegus monogyna, Prunus padus, Viburnum opulus, Ribes rubrum,... La flore herbacée est dominée par Urtica dioica, Galium aparine, Silene dioica, Arum maculatum, Primula elatior, Angelica sylvestris, Heracleum sphondylium, etc.;
- Un parc paysager de la Protection civile en partie inclus dans la RND, planté de très beaux arbres (Quercus rubra, Acer pseudoplatanus, Larix kaempferi, Castanea sativa,...), avec un sous-bois de Sambucus nigra, Prunus serotina, Corylus avellana, Acer pseudoplatanus, A. platanoides, Ulmus gr. minor auxquels s'ajoutent quelques espèces ornementales (Spiraea cf. x billardii,...) et avec une strate herbacée très pauvre en espèces: Impatiens parviflora, Urtica dioica, Convallaria majalis et des semis d'Acer pseudoplatanus.
La noue principale est bordée de Salix cinerea, S. x rubens, Sambucus nigra, Cornus sanguinea, Alnus glutinosa. Ses bords en pente douce portent un tapis dense de Glechoma hederacea. Le fond de la noue, en assec (au moment des observations au milieu des années 1990), montre un mélange d'espèces des mégaphorbiaies, d'espèces nitrophiles, d'espèces propres aux vases exondées, etc.: Impatiens glandulifera (1.1), Symphytum asperum (1.2), Circaea lutetiana (1.1), Urtica dioica (1.1), Chaerophyllum temulum (+), Geranium robertianum (+), Cirsium oleraceum (+), Lycopus europaeus (2.2), Festuca gigantea (+), Stellaria nemorum subsp. nemorum (1.2), Rumex sanguineus (+), Persicaria hydropiper (1.1), Callitriche sp. (1.2), Lythrum portula (+), Rorippa palustris (+), Myosotis scorpioides (+), Carex acutiformis (+).
Plus récemment, en 2007, la flore du Bois du Bouly a été de nouveau inventoriée dans le cadre de la cartographie du site Natura 2000 BE31012 «Vallée de la Dyle de Wavre à Archennes» (obs. P. Dupriez, SPW-DEMNA). Ces relevés ne concernent que la partie reprise en N2000, soit les 2/3 nord du bois (correspondant à la RND) et sont synthétisés ci-après par habitats.
- Peupleraies plantées en milieu alluvial, en mélange avec la frênaie-aulnaie des cours d'eau lents : Alnus glutinosa, Fraxinus excelsior, Populus x canadensis, Populus x canescens, Salix alba, Arum maculatum, Ranunculus repens, Hedera helix, Prunus spinosa, Poa nemoralis, Symphytum x uplandicum, Allium ursinum, Silene dioica, Galium aparine, Sambucus nigra, Corylus avellana, Stachys sylvatica, Angelica sylvestris, Glechoma hederacea, Dipsacus pilosus, Lamium galeobdolon, etc.;
- Saulaies de colonisation , souvent intégrées aux peupleraies alluviales, avec Salix alba, Salix cinerea, Sambucus nigra, Ribes rubrum, Prunus spinosa, Crataegus monogyna, Cornus sericea, Fraxinus excelsior, Carex sylvatica, Urtica dioica, Primula elatior, Arum maculatum, Galanthus nivalis, Aegopodium podagraria, Silene dioica, Heracleum sphondylium, Adoxa moschatellina, Ranunculus repens, etc.
- Prairies de fauche de basse altitude, méso-hygrophile : Cardamine pratensis, Holcus mollis, Holcus lanatus, Rumex obtusifolius, Juncus effusus, Urtica dioica, Lychnis flos-cuculi, Cirsium palustre, Rumex acetosa, Symphytum officinale, Angelica sylvestris, Arrhenatherum elatius, Cruciata laevipes, Ranunculus repens, ...;
- Magnocariçaie avec Carex pseudocyperus, en mélange avec Alisma plantago-aquatica, Solanum dulcamara, Glyceria maxima, Glyceria fluitans, Phalaris arundinacea, Lythrum salicaria, Epilobium parviflorum, Iris pseudacorus, Hypericum tetrapterum, etc.;
- Mégaphorbiaie rivulaire à Filipendula ulmaria, Rumex sanguineus, Lysimachia vulgaris, Lythrum salicaria, Myosotis scorpioides, Equisetum palustre, Valeriana repens, Cirsium oleraceum, Persicaria bistorta, ...
- Ourlets nitrophiles à Geum urbanum, Cruciata laevipes, Glechoma hederacea, Geranium robertianum, Torilis japonica, etc.
Une dizaine d'espèces végétales exotiques à potentiel envahissant sont présentes sur le site. Citons en particulier Cornus sericea, Impatiens glandulifera omniprésente tout le long de la Dyle et du Train, Impatiens parviflora, Prunus serotina et Heracleum mantegazzianum, cette dernière étant cependant très localisée (lisière orientale).
L'intérêt faunistique du Bois du Bouly a été très peu documenté à ce jour .
Sur le plan ornithologique, plusieurs espèces intéressantes sont signalées par TRICOT (1984): le martin-pêcheur (Alcedo atthis), le pic vert (Picus viridis), le loriot (Oriolus oriolus), le rossignol (Luscinia megarhynchos),...
Au cours de la dernière décennie (2009-2018), une trentaine d'espèces d'oiseaux ont été observées sur le site dont plusieurs assez rares et nicheuses possibles ou probables, en particulier l'autour des palombes (Accipiter gentilis), le loriot (Oriolus oriolus), le coucou gris (Cuculus canorus) ou encore la locustelle tachetée (Locustella naevia), la bondrée apivore (Pernis apivorus), ... (source: Observations.be).
La présence de la perdrix grise (Perdix perdix), oiseau des campagnes en très forte régression partout en Région wallonne, a été signalée dans les cultures voisines du bois.
Une espèce exotique est régulièrement observée sur le site et ses alentours: il s'agit de la perruche à collier (Psittacula krameri) qui concurrence les oiseaux cavernicoles indigènes.
Dans les années 1990, deux amphibiens étaient présents dans les limités du bois, à savoir la salamandre tachetée (Salamandra salamandra) et la grenouille verte (Pelophylax kl. esculentus). Il serait utile de les y rechercher de nouveau.
L'entomofaune n'a jamais fait l'objet d'inventaires et le nombre de données disponibles est très faible.