La galerie artificielle peut être suivie sur 200 m environ et elle recoupe un couloir naturel qui abouti à une vasque d'eau sans autre prolongement possible.
La galerie présente un fond plat et très régulier et une largueur variant de 1,5 à 2,5m pour 3m de haut; elle est entrecoupée par plusieurs diaclases et cheminées. L'un de ces petits couloirs perpendiculaire abouti à une nappe d'eau siphonnante (l'Eau noire souterraine n'a jamais pu être atteinte par la grotte).Dans la première partie de la galerie, plusieurs murs de pierre sèches ainsi que des étançons en bois servent de soutènement pour les parois et la voûte qui paraît instable par endroit.
Dans la partie la plus profonde de la cavité les laisses d'eaux (liées à l'infiltration) sont plus fréquentes et les parois sont bien concrétionnées. La grotte présente notamment dans sa partie terminale des 'cascades de calcites', des gours actifs et des planchers stalagmitiques d'une couleur blanche très pure (dossier CSIS, CWEPSS).
La faune invertébrée de la grotte du Pont d'Avignon a fait l'objet d'un inventaire préliminaire par DETHIER et DEPASSE (2007). Ces auteurs y ont répertorié les groupes suivants:
- des Oligochètes Tubificidae et Naididae;
- des Gastéropodes Zonitidae (Oxychilus cellarius), Hydrobiidae (Potamopyrgus jenkensi), Lymnaeidae (Lymnaea truncatula) et Ancylidae (Ancylus fluviatilis);
- des bivalves Sphaeriidae (Pisidium milium, Pisidium personatum, Pisidium casertanum);
- des Copépodes Canthocamptidae;
- des Isopodes Trichoniscidae (Androniscus dentiger) et Asellidae (Asellus aquaticus);
- des Amphipodes Niphargidae (Niphargus schellenbergi) et Gammaridae (Gammarus fossarum);
- des Araignées Metidae (Meta menardi) et Argiopidae (Zygiella atrica);
- des Acariens Oribates, Gamasides et Uropodes;
- des Collemboles Tomoceridae (Tomocerus minor), Onychiuridae, Hypogastruridae, Arrhopalitidae (Arrhopalites pygmaeus) et Neelidae (cf. Neelus murinus);
- des Coléoptères Staphylinidae (Quedius mesomelinus, Stenus glacialis);
- des Trichoptères Limnephilidae (Stenophylax permistus, Stenophylax vibex);
- des Lépidoptères Geometridae (Scoliopteryx libatrix) et Noctuidae (Triphosa dubitata);
- des Diptères Mycetophilidae (Speolepta leptogaster), Culicidae (Culex pipiens), Limoniidae (Limonia nubeculosa), Trichoceridae (Trichocera regelationis), Phoridae (Triphleba atricola), Psychodidae, Chironomidae, Helomyzidae;
- des Hyménoptères Proctotrupidae (Codrus longicornis) et Pteromalidae.
D'une manière générale, ces grottes hébergent une faune relativement riche, mais alors que les espèces troglophiles et trogloxènes sont bien représentés, une seule espèce véritablement cavernicole y est recensée.