La flore et la végétation du Bois de Wanhériffe ne semblent pas avoir été décrites de façon détaillée. Des relevés assez nombreux issus de diverses bases de données sont cependant disponibles et permettent de se faire une idée au moins partielle des habitats en place.
Parmi les principaux groupements forestiers identifiés (mais non validés sur le terrain!), figurent notamment:
- chênaies-charmaies subatlantiques acidoclines, avec dans la strate arborée Quercus petraea, Quercus robur, Betula pubescens, Carpinus betulus, Sorbus aucuparia, Alnus glutinosa, Corylus avellana et, dans le sous-bois, Luzula sylvatica, Athyrium filix-femina, Dryopteris carthusiana, Oxalis acetosella, Anemone nemorosa, Teucrium scorodonia, Lonicera periclymenum, Vaccinium myrtillus, Rubus idaeus, Rubus fruticosus, Circaea lutetiana, Molinia caerulea, Deschampsia flexuosa, ...
- chênaies-frênaies subatlantiques neutrophiles, avec Quercus robur, Carpinus betulus, Corylus avellana parmi les ligneux dominants, et sous les frondaisons, Primula elatior, Ranunculus ficaria, Arum maculatum, Lamium galeobdolon, Carex sylvatica, Anemone nemorosa, Polygonatum multiflorum, Potentilla sterilis, Rubus fruticosus, Stellaria holostea, etc.
- hêtraies acidophiles atlantiques sur substrat sableux ou gréso-sableux, avec Fagus sylvatica, Quercus robur, Quercus petraea, Betula pendula, Sorbus aucuparia, Pteridium aquilinum, Deschampsia flexuosa, Lonicera periclymenum, Rubus fruticosus, Dryopteris carthusiana, Dryopteris dilatata, Luzula sylvatica, Athyrium filix-femina, Vaccinium myrtillus, Teucrium scorodonia, Molinia caerulea, Carex pilulifera, Milium effusum, Luzula pilosa, etc.
- frênaies-aulnaies des ruisselets et des sources, végétation confinée aux abords des ruisseaux qui dévalent le versant forestier, avec comme espèces caractéristiques Alnus glutinosa, Corylus avellana, Carex remota, Chrysosplenium oppositifolium, Glechoma hederacea, Ajuga reptans, Circaea lutetiana, ...
Le bois de Fond du Ry, correspondant à l'extension nord-est du massif, est traversé par le Ruisseau de Bourie et ses embranchements. Le groupement principal est une chênaie-hêtraie à anémone avec parmi la strate herbacée, outre Anemone nemorosa: Adoxa moschatellina, Dryopteris filix-mas, Dryopteris dilatata, Lamium galeobdolon, Circaea lutetiana, Anthoxanthum odoratum, Polygonatum multiflorum, Paris quadrifolia, Luzula pilosa, Veronica hederifolia, Primula elatior, Arum maculatum, Melica uniflora, Deschampsia cespitosa, Euphorbia amygdaloides, ... Dans un faciès à bouleaux apparaissent en outre Melampyrum pratense, Calluna vulgaris, Vaccinium myrtillus, Polytrichum formosum, etc. (obs. T. Genty, 2017).
Les boisements du bas du versant sud, en contact avec la plaine alluviale mosane et la ligne de chemin de fer Namur-Liège, abritent une flore nettement nitrophile. Quelques petites plantations de peupliers hybrides (Populus x canadensis) et d'épicéas (Picea abies) s'intercalent entre des massifs feuillus spontanés. La flore forestière comporte notamment Eupatorium cannabinum, Galeopsis tetrahit, Galium aparine, Urtica dioica, Holcus lanatus, Hedera helix, Humulus lupulus, Solanum dulcamara, Rubus fruticosus aggl., Rosa canina, Rubus idaeus, Crataegus monogyna, Clematis vitalba, Fraxinus excelsior, Populus x canadensis, Viburnum opulus, Sambucus nigra, Alliaria petiolata, ...
Des rochers schisteux affleurent ici et là en lisière sud du bois. Un affleurement situé le long du ruisseau de Wanhériffe, à la sortie du bois, héberge la fougère Blechnum spicant ainsi qu'un beau cortège de bryophytes acidophiles: Pseudoscleropodium purum, Ceratodon purpureus, Polytrichum piliferum, Bryum argenteum, Hypnum cupressiforme, Campylopus introflexus, Barbula unguiculata, Calliergonella cuspidata, Atrichum undulatum, Lophocolea bidentata, Mnium hornum, Brachythecium rutabulum, Polytrichum formosum, Pogonatum urnigerum, Eurhynchium praelongum, ... (obs. A. Smoos et al., 2017).
On trouve également une importante zone d'affleurements dans l'ancienne carrière de grès qui abrite la mine de fer de Java bien connue, située à l'extrémité orientale du bois. Cette excavation est largement boisée et limitée par une falaise subverticale atteignant 25-30 m de haut et éboulée dans le bas. En 2001, A. Remacle y a noté une flore herbacée assez banale incluant néanmoins l'une ou l'autre espèce plus intéressantes: Potentilla argentea, Hieracium sabaudum, Fragaria vesca, Sanguisorba minor, Prunus avium, Origanum vulgare, Populus tremula, Carlina vulgaris, Picris hieracioides, Cirsium palustre, Hieracium pilosella, Epipactis helleborine, Echium vulgare, ... Un relevé plus récent effectué dans la chênaie-boulaie acidophile qui a recolonisé cette carrière signale en outre Asplenium scolopendrium, Asplenium trichomanes, Athyrium filix-femina, Geranium robertianum, Viburnum opulus, Populus canescens, Acer platanoides, Hedera helix, Cornus sanguinea, Castanea sativa, Juglans regia, Potentilla sterilis, Carex sylvatica, Circaea lutetiana, Lamium purpureum, Verbena officinalis, Geranium pyrenaicum, Brachypodium sylvaticum, etc.
A hauteur du hameau de Bourie, l'espace compris entre la voie ferrée et le bas du versant forestier est occupé par un petit plan d'eau alimenté par le ruisseau de Fréraine, directement issu du Bois de Wanhériffe. Cet étang de 1,8 ha, dont l'origine remonte aux années 1980, est colonisé par une végétation assez naturelle. Un relevé partiel datant de 2012 mentionne Typha latifolia, Glyceria maxima, Lythrum salicaria, Salix alba, Epilobium hirsutum, Lycopus europaeus, Alnus glutinosa, Cornus sanguinea, ainsi que des herbiers aquatiques de Persicaria amphibia et de Glyceria fluitans.
Les lisières supérieures du Bois de Wanhériffe, dans le haut du versant, sont largement en contact avec des champs cultivés et plus localement avec quelques zones bâties. Leur flore est donc davantage influencées par les activités humaines et les espèces que l'on y observe sont généralement des éléments de friches nitrophiles en mélange avec des plantes d'ourlets mésophiles et quelques échappées des jardins: citons e.a. Vicia sepium, Glechoma hederacea, Brachypodium sylvaticum, Agrimonia eupatoria, Stellaria holostea, Fragaria vesca, Ranunculus acris, Viola reichenbachiana, Urtica dioica, Anthriscus sylvestris, Prunus spinosa, Sonchus arvensis, Taraxacum sp., Cirsium arvense, Urtica urens, Cruciata laevipes, Clinopodium vulgare, Solanum nigrum, Trifolium pratense, Capsella bursa-pastoris, Chelidonium majus, etc.
A l'extrémité occidentale du massif, une orchidée sauvage, Dactylorhiza maculata, a été notée récemment dans la lisière. A souligner aussi la présence d'une prairie maigre à la source du ruisseau des Malades (Fontaine du Loup), entre la rue du Bois d'Axhelet et le bois. Parfois dénommée " Prairie de la Ferme de Monthessal", son cortège comprend, d'après un relevé datant de 2014 (obs. T. Genty): Hypochaeris radicata, Poa pratensis, Ranunculus bulbosus, Briza media, Festuca rubra, Rhytidiadelphus squarrosus, Anthoxanthum odoratum, Centaurea jacea, Luzula campestris, Holcus lanatus, Arrhenatherum elatius, Achillea millefolium, Danthonia decumbens, Carex pilulifera, Rumex acetosella, Centaurium erythraea, Plantago lanceolata, Ranunculus acris, Geranium dissectum, Leucanthemum vulgare, etc.
L'intérêt faunistique du Bois de Wanhériffe est relativement bien documenté pour certains groupes comme les oiseaux, les papillons de jour, les reptiles et les amphibiens, mais beaucoup moins pour le reste dont une grande partie de l'entomofaune qui n'ont pas encore fait l'objet d'inventaires spécifiques.
Le bas du versant forestier est longé sur près de trois kilomètres par la ligne de chemin de fer Namur-Liège dont les abords, à caractère thermophile, montrent un grand intérêt herpétologique: la présence d'une importante population de coronelle lisse (Coronella austriaca) est bien documentée et l'on y observe également, en plus faible nombre, la couleuvre à collier (Natrix natrix), l'orvet fragile (Anguis fragilis) et le lézard des murailles (Podarcis muralis). A noter que la coronelle a également été signalée dans les anciennes mines de fer de Java.
De plus, des ornières plus ou moins permanentes en contrebas du talus de la voie ferrée permettent la reproduction d'amphibiens dont la grenouille rousse (Rana temporaria) et de quelques espèces de libellules. Des individus isolés du rare triton crêté (Triturus cristatus) y ont même été notés en 2010 et 2014 aux environs du petit étang situé près du club canin de Bourie (obs. E. Graitson).