Le marais de Commanster se trouve sur la commune de Vielsalm, à l'extrême Nord de la province du Luxembourg. Située dans la bassin mosan, cette région de Haute Ardenne est peu accidentée et est essentiellement cultivée à des fins agricoles (prairies à vaches) et sylvicoles (plantations d'épicéas).
Le marais de Commanster s'étire au sud du petit village de Commanster qui a donné son nom à la réserve. Cette réserve, importante zone de source, donne naissance à un petit cours d'eau (le ruisseau de Maguingotte) qui, avec l'apport d'autres ruisseaux, constitue le Glain. Une proportion importante du site est longée par le bois domanial du Forsinfat où les tempêtes de 1990 ont fait de gros dégâts. Les parcelles dévastées sont, à l'heure actuelle, déjà replantées de résineux, excepté une bande de 10 mètres au bord du marais, où l'administration à prévu la plantation d'aulnes glutineux.
Le socle géologique est constitué de grès et de schistes du Siegénien (Dévonien inférieur).
L'altitude varie entre 500 et 545 mètres.
Le site est inclus dans la Zone de Protection Spéciale 'Les Deux Ourthes', désignée en application de la Directive Européenne 79/409.
Le marais de Commanster représente un site de première importance pour cette région de Haute-Ardenne orientale. Il est constitué d'une mosaïque de milieux marécageux et tourbeux. Selon Rouxhet et al. (1994), on peut y reconnaître :
- une tourbière de transition avec Narthecium ossifragum, Erica tetralix, Vaccinium oxycoccos (abondant), Drosera rotundifolia, Wahlenbergia hederacea, Eriophorum vaginatum, Dactylorhiza sphagnicola, Dactylorhiza maculata, etc. ;
- des tourbières tremblantes à Menyanthes trifoliata et Comarum palustre ;
- des prés humides à Persicaria bistorta, Deschampsia cespitosa et Angelica sylvestris ;
- des bas-marais acides riches en laîches : Carex rostrata, Carex vesicaria, Carex nigra, Carex canescens, Carex echinata, etc. ;
- un pré à Meum athamanticum renfermant aussi Nardus stricta et Geranium sylvaticum.qui occupe ici plusieurs ares ;
- une boulaie à sphaignes, avec entre autre Eriophorum angustifolium et Trientalis europaea ;
Du point de vue faunistique, il faut remarquer la nidification de la bergeronette printanière (Motacilla flava), de la pie-grèche grise (Lanius excubitor), de la fauvette grisette (Sylvia communis) et du bruant des roseaux (Emberiza schoeniclus).
Plusieurs espèces de papillons ont également élus domicile dans ce site, dont deux espèces particulièrement intéressantes : le nacré de la bistorte (Boloria eunomia) et le nacré de la canneberge (Boloria aquilonaris).