Le site de la citadelle de Namur et ses environs immédiats renferment des biotopes et des groupements végétaux d'une grande diversité. On y rencontre des affleurements rocheux à différentes expositions, des murailles, des talus, des fossés, des souterrains, des massifs boisés plus ou moins étendus, des pelouses et prairies, friches, jardins, etc. Un aperçu de la végétation est donné par SAINTENOY-SIMON (2001), suite à une excursion de l'Amicale Européenne de Floristique (AEF).
Les rochers et fortifications portent une flore caractéristique, mélangeant des espèces indigènes et des éléments naturalisés, et que l'on rencontre en maints autres endroits de la vallée de la Meuse: Antirrhinum majus, Centranthus ruber, Erysimum cheiri, Cymbalaria muralis, Campanula rotundifolia, Buddleja davidii, Poa compressa, Conyza canadensis, Senecio inaequidens, Parthenocissus inserta, etc.
Certains affleurements bien éclairés accueillent différents groupements thermophiles, à l'état fragmentaire, dont:
* groupement à Melica ciliata (Festucion pallentis);
* groupement d'éboulis à Rumex scutatus;
* pelouses ouvertes de l'Alysso-Sedion, avec Arenaria serpyllifolia, Echium vulgare, Erodium cicutarium, Saxifraga tridactylites, Sedum acre, Sedum album, Sedum rupestre, Thlaspi perfoliatum, Trifolium arvense;
* pelouses calcicoles du Mesobromion à Bromus erectus, Arabis hirsuta subsp. hirsuta, Cardaminopsis arenosa subsp. borbasii, Sanguisorba minor, Erigeron acer, Hieracium pilosella, Geranium rotundifolium, etc.
* pelouses et ourlets silicicoles avec Rumex acetosella, Epilobium lanceolatum, Teucrium scorodonia, ... ;
C'est au pied d'un de ces rochers que fut découverte en juillet 2000 une station de Torilis arvensis, ombellifère rarissime en Belgique où l'on ne recense que deux autres localités (MARTIN et al., 2001).
Une communauté de fougères colonise les murailles: Asplenium ruta-muraria, Asplenium trichomanes subsp. quadrivalens, Polypodium interjectum. LEURQUIN (2007) a confirmé la présence sur la citadelle d'Asplenium trichomanes subsp. pachyrachis, taxon rare des parois calcaires, plus rarement des vieux murs, à frondes fortement appliquées contre le substrat.
En divers endroits, notamment sur le sommet des fortifications et les talus le long des chemins, une végétation prairiale est bien en place; régulièrement fauchée, elle comporte tant des espèces de l'Arrhenatherion que du Cynosurion: Achillea millefolium, Arrhenatherum elatius, Centaurea jacea subsp. decipiens, Cerastium fontanum, Crepis biennis, Cynosurus cristatus, Dactylis glomerata, Daucus carota, Festuca rubra, Galium mollugo, Heracleum sphondylium, Holcus lanatus, Lathyrus pratensis, Leontodon hispidus, Leucanthemum vulgare, Linaria vulgaris, Lolium perenne, Medicago lupulina, Plantago lanceolata, Poa pratensis, Poa trivialis, Senecio jacobaea, Ranunculus acris, Tragopogon pratensis, Trifolium repens, Veronica chamaedrys, Saxifraga granulata, Avenula pubescens, etc.
On note aussi localement quelques éléments des ourlets calcicoles comme Agrimonia eupatoria, Allium oleraceum, Origanum vulgare, Inula conyzae, Fragaria vesca, Trifolium medium, ..., des plages de ronces (Rubus spp.), quelques petits massifs de genêts (Cytisus scoparius), etc. Sur le versant boisé dominant la Meuse, apparaissent l'un ou l'autre fragment de lande à Calluna vulgaris.
Les décombres et bords de chemins sont occupés par des rudérales dont Diplotaxis tenuifolia, Hordeum murinum, Vulpia myuros, ... On observe quelques espèces hygrophiles dans les fossés et autres endroits frais: Epilobium hirsutum, Eupatorium cannabinum, Valeriana repens, ...
Les parties boisées sont formées d'essences variées dont Acer platanoides, Acer pseudoplatanus, Betula pendula, Castanea sativa, Corylus avellana, Crataegus monogyna, Cornus sanguinea, Frangula alnus, Fagus sylvatica, Prunus avium, Salix caprea, Prunus spinosa, Sambucus nigra, Robinia pseudoacacia, Quercus robur, Ulmus x hollandica, Sorbus aucuparia, etc. En sous-bois, poussent Brachypodium sylvaticum, Dryopteris filix-mas, Epipactis helleborine, Hedera helix, Moerhingia trinervia, Poa nemoralis, Scrophularia nodosa, Stachys sylvatica, et sur les lisières fraîches: Alliaria petiolata, Anthriscus sylvestris, Chelidonium majus, Chaerophyllum temulum, Epilobium montanum, Geranium robertianum, Geum urbanum, Glechoma hederacea, ...
Le site de la citadelle est curieusement peu évoqué dans le Plan Communal de Développement de la Nature (PCDN) (SERGENT et al., 1999). Sur le plan botanique, on y signale seulement que "les rochers situés le long de la route Merveilleuse portent Allium sphaerocephalon, Antirrhinum majus, Aphanes arvensis, Centranthus ruber, Sedum album, Sedum acre, Sedum rupestre, Potentilla argentea, Conium maculatum, Asplenium trichomanes."
Les données sur la faune locale semblent peu nombreuses ou en tous cas fort dispersées. Une importante colonie de lézard des murailles (Podarcis muralis) occupe les murs d'enceinte et les rochers bien éclairés. Trois autres espèces de reptiles sont signalées sur le site mais elles y sont très discrètes; il s'agit de l'orvet (Anguis fragilis), de la couleuvre à collier (Natrix natrix) et de la coronelle lisse (Coronella austriaca) dont la présence actuelle sur le site demande confirmation.
Les souterrains de la citadelle sont fréquentés par plusieurs espèces de chauves-souris, en particulier durant l'hiver. Les parties aériennes servent de terrain de chasse pour la sérotine commune (Eptesicus serotinus) dont une colonie existe non loin, dans le centre-ville (obs. Th. KERVYN).
Pas moins de 16 espèces de coccinelles ont été recensées jusqu'ici: Adalia bipunctata, Adalia decempunctata, Aphidecta obliterata, Calvia decemguttata, Calvia quatuordecimguttata, Coccinella septempunctata, Coccinella undecimpunctata, Exochomus quadripustulatus, Halyzia sedecimguttata, Harmonia axyridis, Harmonia quadripunctata, Myrrha octodecimguttata, Propylea quatuordecimpunctata, Psyllobora vigintiduopunctata, Rhyzobius chrysomeloides (données du GT COCCINULA).
En ce qui concerne les papillons diurnes, l'inventaire est encore très partiel et ne comporte à ce jour que des espèces banales: Aglais urticae, Araschnia levana, Celastrina argiolus, Gonepteryx rhamni, Inachis io, Papilio machaon, Pieris brassicae, Pieris napi, Pieris rapae, Polygonia c-album, Vanessa atalanta, Vanessa cardui (données du GT LYCAENA).