Un plan d'action définit les mesures à prendre afin de gérer les espèces. Il définit également les lieux, l'échelle, les coûts et les impacts des mesures. Il identifie les sources de financement possibles, les freins socio-économiques et législatifs ainsi que les obstacles possibles et la manière de les surmonter.

Les plans d'action ne se limitent pas aux zones Natura 2000. Ils déterminent les mesures à prendre en dehors du réseau afin d'améliorer l'état de conservation au niveau biogéographique.

Afin de pouvoir élaborer un plan d'action, des études préliminaires et du monitoring sont souvent nécessaires car les informations à disposition sont rarement totalement complètes.

Les espèces ont été choisies sur la base du cadre d'actions prioritaires (Priority Action Framework, PAF) qui est un document établissant une liste d'espèces (et d'habitats) pour lesquelles des actions sont à entreprendre, tenant compte de précédents monitorings.